Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 4,614,205 | A→G | *54* (TAA→TAG) | ytjA → | DUF1328 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 4,614,205 | 0 | A | G | 99.5% | 717.1 / NA | 209 | *54* (TAA→TAG) | ytjA | DUF1328 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (111/97); minor base T (1/0); total (112/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
CTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAAATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAT > NZ_CP025268/4614068‑4614340 | cTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGAt > 1:5885776/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTTTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:464257/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:1530159/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:1986882/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:4322490/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:3381076/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:3024068/1‑140 (MQ=255) ttATCGCGTTACGCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGGGGTCGGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTTTATTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCa < 1:4540362/140‑1 (MQ=255) tATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAg > 1:1442164/1‑140 (MQ=255) agcgcgGTAATCGCCGCCGCACTTGGGGGTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCTGGCGCAGCTACAATTGGCTTTGTCGTCGGGATTTTTCGGTTCCTGGTGTGGTTGGTCTTGGGCCGGAATCGACCCTAGGTTTgaga > 2:800837/3‑140 (MQ=255) aTCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGa > 1:5834020/1‑140 (MQ=255) aTCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGa > 2:1832713/1‑140 (MQ=255) aTCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGa > 1:2318475/1‑140 (MQ=255) aTCGCGTTAAACGCCGCCGAAGTGGGTTTTGGTGGTCGGGCCGGTACCGATGCTGGCGCCGCTAATTTTGTCTTGGTCGTCGTGTTTTTTCTGTTCATGGTGAGTTTGTTCATGGGCCTAAAAAGACCCTAGATTTCAGa < 2:2304562/140‑1 (MQ=255) tCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCTCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCATGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGAc > 2:5877599/1‑140 (MQ=255) tCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGAc > 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aCTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGATAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATcc < 2:2269827/140‑1 (MQ=255) ggTTTGTTGGTGTGGCCGTTACCGCTGCTGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTGGGGATTTTTCTGTTGGTGGTGAGTTGGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTTTCCAAAGc < 1:5317541/140‑1 (MQ=255) ggTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGc < 1:6448347/140‑1 (MQ=255) ggTTTGGTGGTCGGCCCGGTACCGCTGAAGGCGCAGATAAATTTGTATTTGTCTTGGGTATTATTCTGTTCCTGTTTAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCTAAGc < 2:4008817/140‑1 (MQ=255) ggTTGGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAAGTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCGGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAACACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGc < 1:6098790/140‑1 (MQ=255) tttGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCCGGCGCAGCTAAAATTGTCTGTGTCGTCGGGATTATTCTGTGCCTGGTGAGTTTGTTCAGGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCa < 1:4917828/140‑1 (MQ=255) tttGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCa > 1:1624038/1‑140 (MQ=255) tttGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCa < 2:6438142/140‑1 (MQ=255) tttGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCa > 1:4033430/1‑140 (MQ=255) attGGTGGACTGCCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGACTTTGTCCTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCTAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCa < 1:807510/139‑1 (MQ=255) tggtggTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAga > 2:1033767/1‑139 (MQ=255) cTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCgg > 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catGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTTGATTTCAGACCAGTAAGAAAATTTTATCCAATGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCacaac > 2:5196421/3‑140 (MQ=255) cTGGTGAGTTCGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCacaaca > 1:3131017/1‑140 (MQ=255) ggTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACaaa > 1:5064158/1‑140 (MQ=255) ggTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACaaa > 2:1654482/1‑140 (MQ=255) ggTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACaaa > 1:6258763/1‑140 (MQ=255) ggTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACaaa > 2:3984994/1‑140 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(MQ=255) ggCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACACCAAAAACAGGAAGGCAGAgg > 1:2336676/1‑140 (MQ=255) ggCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAgg > 1:3597342/1‑140 (MQ=255) ccGAACACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTGGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTg < 1:3406137/140‑1 (MQ=255) gAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAACTTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTggg < 1:5794483/140‑1 (MQ=255) gAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTggg > 1:5987071/1‑140 (MQ=255) ccaaCGAACCTAGATTACAGACCATACACAAAATGTCATCCACCGCCAGTCCAGCGCCCTGGCTTTTGCGGTTATAGCGTATAAGAAATTGCGTGACTTTGTCATTCTTGCACAACAAAACCAGGAAGGCAGAGGTgggg < 2:6113200/138‑1 (MQ=255) aaaaCGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTgggg < 1:3955997/140‑1 (MQ=255) aaCGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAACGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGTTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTCGACATTCTTTCACAACAAAACCAGGAACGCAGAGGTGGGGCa < 2:2250311/140‑1 (MQ=255) gACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCg < 2:3450230/140‑1 (MQ=255) gACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCg < 2:5973669/140‑1 (MQ=255) gACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCg < 1:5521296/140‑1 (MQ=255) aCCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGa < 1:5172742/140‑1 (MQ=255) cccTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAACCAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGaa < 2:1474443/140‑1 (MQ=255) cccTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGaa > 1:4902058/1‑140 (MQ=255) ccTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCTGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAt < 2:4056052/140‑1 (MQ=255) ccTAGACTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAt < 1:3569244/140‑1 (MQ=255) | CTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAAATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAT > NZ_CP025268/4614068‑4614340 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |