| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,244,790 | (C)6→5 | pseudogene (915/1042 nt) | galS ← | HTH‑type transcriptional regulator GalS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,244,785 | 0 | C | . | 99.2% | 1239.3 / 1.7 | 260 | pseudogene (920/1042 nt) | galS | HTH‑type transcriptional regulator GalS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base . (114/143); total (115/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
TCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAATCGCAA > NZ_CP025268/2244646‑2244923 | aGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGccccc > 2:1573310/1‑140 (MQ=255) aTTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGccccctg > 2:161028/1‑138 (MQ=255) aTTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGccccctg < 2:607911/140‑3 (MQ=255) aTTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGccccctg > 1:2864217/1‑138 (MQ=255) ttGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCGATATTGCCTGCTGccccccgc < 1:834057/140‑3 (MQ=255) ttGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGccccctgc < 2:726112/140‑4 (MQ=255) tGAAATCGGTGACATCGCGTGATTTGTGTAGGTA‑TGTTGCGCGGCCGCAGTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCGCTAACGTCGGGATGAAACAGGGGCTGGCACGAGGGGGAATATTGCCTGCTGccccctgcc > 2:809295/1‑136 (MQ=255) tGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGccccctgca > 1:1303216/1‑136 (MQ=255) aaaGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAg > 2:1439215/1‑140 (MQ=255) aaaGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAg > 1:981297/1‑140 (MQ=255) aGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGc < 2:4815439/140‑1 (MQ=255) cGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCa > 1:551762/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATGTTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGt > 2:1321529/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGt > 1:794159/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGt > 2:3151551/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGt > 2:3494549/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGt > 1:4301552/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGt > 1:4778376/1‑140 (MQ=255) ttACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGtt < 1:3724461/140‑1 (MQ=255) ccTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCt > 1:2798126/1‑140 (MQ=255) ccTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCt > 1:2431817/1‑140 (MQ=255) ccTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCt > 2:519059/1‑140 (MQ=255) ccTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCt > 1:1855955/1‑140 (MQ=255) ttgttgAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTc < 2:485074/140‑1 (MQ=255) gTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTg < 1:1105145/140‑1 (MQ=255) ttAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGa > 2:1882099/1‑140 (MQ=255) ttAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGa < 2:3365984/140‑1 (MQ=255) ttAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGa < 2:4044777/140‑1 (MQ=255) ttAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGa < 2:486798/140‑1 (MQ=255) ttAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGa < 1:124009/140‑1 (MQ=255) ttAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGa < 1:457465/140‑1 (MQ=255) ttAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTCGCTAATTTCGCCATTGa < 2:1925512/140‑1 (MQ=255) tAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGGGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGGCAGTTCGGTGGCTAATTGCGCCGTTGaa > 2:2029948/1‑140 (MQ=255) gAT‑CGCCGCCGCTTGCTGTCGTCTCGCGACAGAACGGCGGCGCACTAACGCCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATAGTGCCTGCTGCCCCCC‑GCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCTATTGAAGCaa < 2:3271161/140‑1 (MQ=255) gAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAACCAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCaa < 1:2806400/140‑1 (MQ=255) gAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCaa < 2:850197/140‑1 (MQ=255) gAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCaa < 1:4189362/140‑1 (MQ=255) gAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATAAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCaa < 1:466260/140‑1 (MQ=255) t‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATg < 2:3411004/140‑1 (MQ=255) cgccgccgcATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATgg > 1:4716660/1‑140 (MQ=255) ccgccgcATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGATGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCGCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGa < 2:4518782/140‑1 (MQ=255) cgcATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAAc > 1:660467/1‑140 (MQ=255) gcATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACg < 1:2115545/140‑1 (MQ=255) aTTCTTGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCTTAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 2:4174884/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACCGAATGGCGACGCACTACCGTCGGCATAAAAGAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGcc < 2:2369080/140‑2 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCACTATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:1101576/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:1514555/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:5086599/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 2:3764210/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:2717177/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:3196656/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCCACGCATTAACCTCGGCATAAAACACTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 2:4227912/140‑1 (MQ=255) ttCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCAc > 1:4897988/1‑140 (MQ=255) gCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGACGGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGAGATAACGCACGGTCg > 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1:3053291/1‑140 (MQ=255) ctggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCgat > 1:2156572/1‑140 (MQ=255) ggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCgatga > 2:138006/1‑140 (MQ=255) ggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCgatga > 1:2369449/1‑140 (MQ=255) gAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTgag < 2:4905074/140‑1 (MQ=255) gAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTgag < 1:1688797/140‑1 (MQ=255) 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2:4427209/1‑140 (MQ=255) ccTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAAt > 2:2691847/1‑140 (MQ=255) ccTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGCGGCTAATTTCGCCACTGAAGCAACGGGATAACGCACCGTCGTTAATTACGTCTCGGTGTACCGGGCGATGGTAATAACAACGAAATCTATGATTGAGAGATGTAACGGAAt > 2:3390910/1‑140 (MQ=255) | TCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAT‑CGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAATCGCAA > NZ_CP025268/2244646‑2244923 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |