| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,146,507 | +T | pseudogene (1028/1643 nt) | flgK → | flagellar hook‑associated protein FlgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,146,507 | 1 | . | T | 99.2% | 971.9 / ‑1.6 | 263 | pseudogene (1028/1643 nt) | flgK | flagellar hook‑associated protein FlgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base T (126/135); total (127/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
ACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGG > NZ_CP025268/1146368‑1146637 | cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACAGAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCCAAACACGAAAAAC‑AAAggt > 1:2659266/1‑139 (MQ=255) cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAggt < 2:3686424/140‑2 (MQ=255) ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAggtgac > 1:4390422/1‑136 (MQ=255) ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAggtgac > 1:4895187/1‑136 (MQ=255) ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAggtgac > 1:558854/1‑136 (MQ=255) ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTAAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAggtgac < 2:2387948/140‑5 (MQ=255) ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCCTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGATAAGCCCGCGGTTCTGCAAAATACGAAAAAC‑AAAggtgac > 2:4734390/1‑136 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAggtgacg > 2:4918775/1‑135 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAggtgacg > 1:3378279/1‑135 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAggtgacg < 1:2537765/140‑6 (MQ=255) ggACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGt > 1:3696014/1‑140 (MQ=255) gACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGtt > 2:1801044/1‑140 (MQ=255) gACAACTGGCGCTGGCAGTTGCCGAGGCTGTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGTCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGACCGCGGTTCTGCAAAACACGATAAAA‑AAAGGTGACGtt > 2:2242904/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGAt > 2:2177715/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGAt < 1:778587/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGAt < 1:618384/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGAt < 1:5059954/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGAt < 2:4473724/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGAt < 1:1420476/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGAt < 1:1265845/140‑1 (MQ=255) gcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTg > 1:1521787/1‑140 (MQ=255) gcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTg < 1:4699574/140‑1 (MQ=255) cTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGc < 2:3839158/140‑1 (MQ=255) cTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGc < 1:4035386/140‑1 (MQ=255) cTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGc < 1:113791/140‑1 (MQ=255) ggCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGAGTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCa < 2:883231/140‑1 (MQ=255) cATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACg > 1:621975/1‑140 (MQ=255) tttGCCGATGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGt < 2:3730898/140‑1 (MQ=255) ttGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTa < 1:3930209/140‑1 (MQ=255) aGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt > 1:3486932/1‑140 (MQ=255) gCTTTCAACATCCAACACAACGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGCTACGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACCTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc < 2:2703911/140‑1 (MQ=255) ttCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTc < 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cAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACt > 2:2113210/1‑140 (MQ=255) cAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACt > 2:1542514/1‑140 (MQ=255) aaCACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTg > 1:211446/1‑140 (MQ=255) acacAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAGCACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTgt > 1:4513052/1‑139 (MQ=255) acacAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTgg > 1:1705429/1‑140 (MQ=255) acacAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTgg > 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aaGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACa < 2:101279/140‑1 (MQ=255) aaGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACa < 1:4127192/140‑1 (MQ=255) aGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAg > 2:3282430/1‑140 (MQ=255) aGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAg > 2:3120929/1‑140 (MQ=255) aGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAg > 1:2203830/1‑140 (MQ=255) aGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGGTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTTGCGACAg > 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cGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCg < 2:1427101/140‑1 (MQ=255) gATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataa > 2:1604634/1‑140 (MQ=255) gATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGAGTACAAAATCTCGTTCGataa > 2:422136/1‑140 (MQ=255) tGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataata > 2:1982284/1‑140 (MQ=255) gCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGAtaataa < 1:28705/140‑1 (MQ=255) ccGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATaataat < 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2:3644110/1‑140 (MQ=255) gTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCAc < 1:4501155/140‑1 (MQ=255) tGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGc < 1:4316784/119‑1 (MQ=255) tGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACtttt > 1:3822713/1‑140 (MQ=255) tGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACtttt > 1:4520465/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:905997/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:1028121/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:216380/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 2:2502288/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTCTTACGGTGa > 1:3540533/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGACACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 2:3483494/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTCGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGAAATAGCACTTTTACGGTGa > 2:3357741/1‑140 (MQ=255) gAAAAAC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCCGTACTGGCGACAGATTACAAAATCCCGTTCGATAAGAATCAGTGGCAGGTCCCCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGc < 2:4059595/140‑1 (MQ=255) aaaC‑AAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCgg < 2:397705/140‑1 (MQ=255) | ACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAAC‑AAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGG > NZ_CP025268/1146368‑1146637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |