| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,826,683 | (A)7→8 | intergenic (‑247/+51) | chbB ← / ← osmE | PTS N,N'‑diacetylchitobiose transporter subunit IIB/osmotically‑inducible lipoprotein OsmE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,826,676 | 1 | . | A | 93.6% | 1427.0 / 74.1 | 393 | intergenic (‑240/+58) | chbB/osmE | PTS N,N'‑diacetylchitobiose transporter subunit IIB/osmotically‑inducible lipoprotein OsmE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (18/7); new base A (253/115); total (271/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
GCTGAAAGGAGTATACGGTATAGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑C‑‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCAT > NZ_CP025268/1826541‑1826810 | gCTGAAAGGAGTATACGGTATAGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑C‑‑a‑a‑a‑a > 1:4207355/1‑140 (MQ=255) tataGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGcc > 2:3542159/1‑140 (MQ=255) tataGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCCTATAAATTGTGTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑C‑‑A‑AGA‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGcc > 2:1875711/1‑140 (MQ=255) ataGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGGCCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCg > 1:3737518/1‑140 (MQ=255) aGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGt > 1:528081/1‑140 (MQ=255) aGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGt > 2:2808053/1‑140 (MQ=255) aCCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGttt > 2:777958/1‑140 (MQ=255) aCCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGttt > 2:2906573/1‑140 (MQ=255) agaaaaaGTATTTCTTTGAACTTATAGATTGTAACTCCTTGACCAGTGGTGATGACAGGCATCACATTTCGGGCAACTAATTCGCGAAGATAATTAAGCACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCAGTTTCCgtt > 2:4845460/7‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGTCCTTATAAATGGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTTACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTTAGG‑CTA‑‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTGTCCgtt > 1:1743708/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 2:3948561/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:1123643/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 2:3760279/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:3675667/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:4478762/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:453350/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:4934726/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 2:2591781/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 2:2457587/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:854919/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:902635/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 2:4097/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:1316181/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:1474208/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 2:673392/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:195088/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 2:4708610/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:2328045/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtg > 1:4619772/1‑139 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgct > 1:4248200/1‑138 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑C‑‑A‑A‑A‑ACAA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:1000039/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATGCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:4256133/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTGTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 1:2776731/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGCTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 2:3888836/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTGTGACCTTGTAAATTGTTTCTCCGTGACCTGTGGTTATGAGCTTCTTGACATTTAGGGTAAATAATTCGCGAAGATAATCAAGAACTCTGG‑C‑C‑‑ATA‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgtt > 2:1178214/1‑140 (MQ=255) aGCAATAATAATTCTTTGACCTTAAAAATTTGTTCTGTTTGAACTGTGGTTATGAGCTTCTTAACATTTCGGGCAAATAATTCTCGAAGATAATTACGAAGTTAGG‑T‑G‑‑A‑A‑ACA‑GA‑ACCGGCGCGAGGGGCGGTGTctggt > 2:4552340/1‑136 (MQ=255) gCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgttg < 1:4645612/140‑1 (MQ=255) tttCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAATAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAg > 2:4484467/1‑140 (MQ=255) tttCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAg > 1:2399499/1‑140 (MQ=255) tttCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAg > 1:4781665/1‑140 (MQ=255) tttCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAg > 1:4185703/1‑140 (MQ=255) tGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCa > 1:4722516/1‑140 (MQ=255) aCCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCGTTCAGa > 2:2977550/1‑140 (MQ=255) ccTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGAc < 2:3060341/140‑1 (MQ=255) ataAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAAt > 1:4005447/1‑140 (MQ=255) ataAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAAt > 1:1883658/1‑140 (MQ=255) ataAATTGTGTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCCAATAATTCGCGAAGATAATTAAGCACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ATCGGCGCAATGGCCAGTTTCCGTTGTTACTCAAGCATTCAGACGAAt > 2:2182682/1‑140 (MQ=255) gTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCCCATTTCGGGCAAATAATTCGCGCAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTAc > 2:567654/1‑140 (MQ=255) ctcCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCg < 1:2568032/140‑1 (MQ=255) ctttGACACGTGGTTATGACCCTCATCACATTTCGGACAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAATTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCa < 2:4360902/138‑1 (MQ=255) aCCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCtg > 2:898593/1‑140 (MQ=255) cTGTGGTTATGACCCTCATCACATTCCGGGCAAATAATTCGCGACGATACTTAAGAACTAAGG‑C‑A‑‑ACA‑C‑A‑AA‑ACCGCCGCAATAGCCGGCTTCCCTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTCAAAACTTCTCAGCCtgtg < 2:2150081/140‑1 (MQ=255) gtgGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGa > 2:321390/1‑140 (MQ=255) tgGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ATCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGAt > 1:750086/1‑140 (MQ=255) tgGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGAt < 1:2012060/140‑1 (MQ=255) tgGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGAt > 2:5022813/1‑140 (MQ=255) tgGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGAt < 1:3205403/140‑1 (MQ=255) tgGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGAt > 2:3722564/1‑140 (MQ=255) tgGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGAt < 2:3391002/140‑1 (MQ=255) tgGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTAAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGAt > 2:4899191/1‑140 (MQ=255) gTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCa < 1:566910/140‑1 (MQ=255) ccTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTa > 2:1261161/1‑140 (MQ=255) ccTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTa < 1:1803216/140‑1 (MQ=255) ccTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTa > 2:1704952/1‑140 (MQ=255) ctTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTc > 1:1355090/1‑140 (MQ=255) ctTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTc > 1:3874175/1‑140 (MQ=255) cacaTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGc < 1:322550/140‑1 (MQ=255) acaTTTTGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 1:2901703/140‑1 (MQ=255) acaTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAAGTCAGG‑C‑C‑‑A‑A‑A‑A‑AACACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 2:3168230/140‑1 (MQ=255) acaTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 1:2842705/140‑1 (MQ=255) acaTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 1:4862776/140‑1 (MQ=255) acaTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 2:1446369/140‑1 (MQ=255) acaTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 2:3323224/140‑1 (MQ=255) acaTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 1:3777885/140‑1 (MQ=255) acaTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 2:366286/140‑1 (MQ=255) acaTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 2:4274500/140‑1 (MQ=255) acaTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 2:1039767/140‑1 (MQ=255) acaTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 1:3386482/140‑1 (MQ=255) aTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGcaca > 1:3135816/1‑140 (MQ=255) tCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGCACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGTATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGt < 1:4296561/140‑1 (MQ=255) tCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGt < 1:5010116/140‑1 (MQ=255) cGGGCAAATCATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAAGGGCCGGGTGCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATGGATGACTGCTCAGCCTGGCGATCAGTGTCCGATTCAGCACAgggc > 2:2894748/1‑138 (MQ=255) gggCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCt < 2:2620602/140‑1 (MQ=255) gggCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCt > 1:2157675/1‑140 (MQ=255) gCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CTA‑‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGACGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGAGCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGa > 2:4017508/1‑140 (MQ=255) ataatTCAAGAAGATAATTAAGCACTCAGGAC‑A‑‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCCATGGCCGGTTTCCCATGATACTCAAGCTTTCAGACATATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAAc < 2:2729607/140‑1 (MQ=255) cgcgAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCa < 1:1273327/94‑1 (MQ=255) aTAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGAc < 2:1758651/140‑1 (MQ=255) aTAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGAc < 2:1949508/140‑1 (MQ=255) aTAATTAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGAc < 1:640672/140‑1 (MQ=255) tAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTc < 1:3602165/140‑1 (MQ=255) tAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTc < 2:4781665/140‑1 (MQ=255) tAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTc < 1:4383701/140‑1 (MQ=255) tAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTc < 2:4256133/140‑1 (MQ=255) tAAGAACTCAGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTc < 2:3855941/140‑1 (MQ=255) aaGAACTCAGG‑C‑CAAA‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGGGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTc < 2:1529713/140‑1 (MQ=255) aGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCATCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTatcat > 1:2676541/1‑140 (MQ=255) aGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTc < 2:2285642/90‑1 (MQ=255) aGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTatcat > 2:4975294/1‑140 (MQ=255) aGG‑C‑CA‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTatcat > 2:2068153/1‑140 (MQ=255) | GCTGAAAGGAGTATACGGTATAGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑C‑C‑‑A‑A‑A‑A‑AA‑ACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCAT > NZ_CP025268/1826541‑1826810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |