Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 2,786,415 | +C | pseudogene (334/4580 nt) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,786,411 | 1 | . | C | 94.0% | 1073.6 / 56.2 | 338 | pseudogene (338/4580 nt) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/9); new base C (159/156); total (173/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
GCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑C‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786273‑2786545 | gCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCCCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c > 1:4431784/1‑140 (MQ=255) gCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c > 1:5022741/1‑140 (MQ=255) gCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c > 1:2361378/1‑140 (MQ=255) tACCACCATCAATGTGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c‑c‑c < 1:2510353/140‑1 (MQ=255) tACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c‑c‑c < 2:2323297/140‑1 (MQ=255) tACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c‑c‑c < 2:4191915/140‑1 (MQ=255) tACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c‑c‑c < 1:2188644/140‑1 (MQ=255) ccaccaTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c‑c‑ccc > 1:3818170/1‑139 (MQ=255) cccaTCAATGAGTATTCCATTCGCCCTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c‑c‑cccgt < 2:4907532/139‑4 (MQ=255) accaTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c‑c‑cccgt < 2:2861057/140‑4 (MQ=255) tCAATGAGTGTTCGATCCGCACTCCCTCCCTCTGGGCGCGAAGCACCGCCGTTACTCGGCGTTCCATTGCTGATACCCCCCTGATAACCGCCCTGGTTGCCCCTCTCGATTGTCGTGCCTGTGGAGAC‑AGC‑C‑CCGTCATg > 2:4557862/1‑140 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATg > 1:4539644/1‑140 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATg > 1:3787879/1‑140 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAACTGTCGTTCCATTGCTGATGCCCCCTTTATAAAAGTGCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGTAAAT‑A‑CTC‑CCGGCATg > 2:184596/1‑140 (MQ=255) tGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTCATTGTCGTTCCCTTGCTGATACCCCCTTTATAACCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATCC‑C‑C‑CCGTCATGAAtt < 1:3155268/140‑1 (MQ=255) tATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACTCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTGCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCCTAAATTGACt > 2:3755817/1‑140 (MQ=255) tATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACt > 1:2319014/1‑140 (MQ=255) tATTCCATTCGAACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACt < 2:799267/140‑1 (MQ=255) tCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCTGCCTTAATTGTTGTTCGATTGCTGATACTAGCTTTATAAACGGCGTGATTGAGAGTATCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑G‑C‑CGCTGTGGTTAATTGACTGtt > 2:3194946/1‑139 (MQ=255) aTTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGc < 1:4451733/140‑1 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCCATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 1:3597436/140‑1 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACTGCCCTTAAGTGTTGGTCCATTGCTGATACCTCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTTTCGTACCTTTGGAAAT‑A‑CTC‑CCGTCATGTATGGAATGTCTgtttcc > 2:158830/1‑135 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCAcc > 1:3527868/1‑140 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCAcc > 1:4169515/1‑140 (MQ=255) ctacctccctcTACGAGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGCACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGtt < 2:4119799/137‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 2:3551069/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:1268055/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 2:4720363/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGGGAAGCACCGCCCTTAAGTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCGTTACAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTGGTACCTGTGGAAGT‑ACC‑C‑CCGTGATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 2:2538180/140‑1 (MQ=255) ctccctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCCTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATg < 1:3071018/140‑1 (MQ=255) cctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGtt < 1:4331110/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTCTAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:427241/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:685114/140‑1 (MQ=255) tACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtat > 2:24324/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 1:785035/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta < 2:3678137/140‑1 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 2:2913116/1‑140 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 2:4039777/1‑140 (MQ=255) tGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAg > 2:4987327/1‑140 (MQ=255) gAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGc < 2:3901066/140‑1 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 1:84585/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 1:4819287/1‑140 (MQ=255) aCCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGcc < 2:2128610/140‑1 (MQ=255) cGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGcccc > 2:1131273/1‑140 (MQ=255) gCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCca < 2:1176990/140‑1 (MQ=255) gCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCca < 1:3436155/140‑1 (MQ=255) cccTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCTACCGGTAGTGGTTGTATTATTAGCCTGCCCcac > 1:653419/1‑140 (MQ=255) cccTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCcac > 1:3558725/1‑140 (MQ=255) ttAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACaaa < 2:1454578/140‑1 (MQ=255) gTCGTTCCATTGCCGATACCCCCTTTATAACCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGtt < 2:2719321/140‑1 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 2:2255253/1‑140 (MQ=255) cGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAATATTGTTAt > 1:867656/1‑140 (MQ=255) cGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTAt > 1:3276451/1‑140 (MQ=255) gTTCCATTGCTGATCCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTCCCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATg < 2:1227062/140‑1 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa < 1:4970929/140‑1 (MQ=255) tCCCTTGCTGCTACCCCCTTTATAGACGTCCTGATTGCCGCTCTCGCTTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 2:442542/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCCCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 1:989256/140‑1 (MQ=255) gCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCta < 2:1013222/140‑1 (MQ=255) gATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGAGTGTCGTGCCGGTGGAAAT‑A‑CAA‑GCGTCATGAATTGACTGTCTGGCAGGGTTAATGGTTGTATTATTAGCATGCACCAGAAAGTGGTTATGACTTCGTatat > 2:4490525/1‑140 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa > 1:4646955/1‑91 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc > 1:1195311/1‑140 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc > 2:2217908/1‑140 (MQ=255) aCCCCCTTTATAAGCGTCCTGAGTGCCACTCTCGAGTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGGCTGCCACCGTTAGTGGTTGTATTATTAGCCGGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCtt > 2:653907/1‑140 (MQ=255) aCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCtt > 1:1459123/1‑140 (MQ=255) aCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCtt > 1:2345986/1‑140 (MQ=255) aCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCtt < 1:2924065/140‑1 (MQ=255) aCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCtt > 1:3378405/1‑140 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATGTTGatat > 1:2765808/1‑140 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat > 2:87997/1‑140 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat > 1:756182/1‑140 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat > 1:1893647/1‑140 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat > 2:4389971/1‑140 (MQ=255) tataAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATcca < 1:5063787/140‑1 (MQ=255) aaCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAg > 1:1780624/1‑140 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:3651919/140‑1 (MQ=255) gTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGAtt > 2:3297294/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTTTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 1:3011583/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:1968045/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 1:4725153/1‑140 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:3589107/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:3969215/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:2639604/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:4589633/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATAATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:4049006/140‑1 (MQ=255) aCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTc > 2:260762/1‑140 (MQ=255) ctctCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTcc < 2:4613108/140‑1 (MQ=255) tctcGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTg > 1:1410167/1‑112 (MQ=255) tctcGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCa < 2:1375987/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 1:4201117/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 1:109819/140‑1 (MQ=255) gTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcccc > 1:1557357/1‑140 (MQ=255) tACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCg > 1:2077780/1‑140 (MQ=255) tACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCg > 2:5038258/1‑140 (MQ=255) ggAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGaa > 2:1644930/1‑140 (MQ=255) ggAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGaa > 1:196112/1‑140 (MQ=255) ggAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGaa > 1:390377/1‑140 (MQ=255) gAAAT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAAc > 2:1814661/1‑140 (MQ=255) aaaT‑ACC‑C‑CCGTCATTAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACa < 2:3407403/140‑1 (MQ=255) aaaT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACa < 1:1433428/140‑1 (MQ=255) aaaT‑ACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACa < 2:2960141/140‑1 (MQ=255) | GCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑C‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786273‑2786545 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |