| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,309,690 | (C)5→6 | intergenic (‑81/+27) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,309,685 | 1 | . | C | 92.5% | 873.0 / 66.2 | 278 | intergenic (‑76/+32) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (13/8); new base C (115/142); total (128/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
TATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CC‑CC‑CA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAA > NZ_CP025268/3309546‑3309817 | aTTACTGCATCCTGCAATCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGCTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c > 2:650559/1‑140 (MQ=255) ctgcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑cc‑cc‑c < 1:2457557/137‑1 (MQ=255) cATCCTGCAAGCGTAAGTTCTGGCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAATGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGCCCTGTTCCCGGGTGCTAACAAGGCGTCCTTCCCGGGGAAAAA‑cg‑cc‑ccgc > 2:181962/1‑137 (MQ=255) cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑cc‑cc‑ccgc > 2:394251/1‑137 (MQ=255) 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ttAAAAGCCC‑CC‑CG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCaa > 1:2907090/1‑140 (MQ=255) ttAAAAGCCC‑CC‑CG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCaa > 2:93910/1‑140 (MQ=255) | TATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CC‑CC‑CA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAA > NZ_CP025268/3309546‑3309817 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |