Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 3,851,714 | +C | pseudogene (345/1502 nt) | uhpB ← | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,851,710 | 1 | . | C | 98.4% | 804.1 / 4.9 | 245 | pseudogene (349/1502 nt) | uhpB | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base C (118/123); total (121/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑CC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAG > NZ_CP025268/3851571‑3851843 | ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 2:3851200/140‑1 (MQ=255) ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 1:2452777/140‑1 (MQ=255) ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCAGCCAGTTACAGTCAGCAACCGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 2:2716013/140‑1 (MQ=255) cGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑cc < 1:4977049/140‑1 (MQ=255) cGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑cc < 2:1993445/140‑1 (MQ=255) cGAGAGAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑cc < 2:4491463/140‑1 (MQ=255) tAGTGCCAGAACACCAGACATGTCGGGGCCAGCTTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGCGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑cc‑ccctg < 2:503845/140‑4 (MQ=255) tAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑cc‑ccctg < 2:3045369/140‑4 (MQ=255) aGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑cc‑ccctgt < 2:3324615/140‑5 (MQ=255) aGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑cc‑ccctgt < 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ggggCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACg < 1:1926721/140‑1 (MQ=255) gCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTg > 2:4880469/1‑140 (MQ=255) gCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTg > 2:2600336/1‑140 (MQ=255) gCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGGTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTg > 2:681135/1‑140 (MQ=255) gCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATgg > 2:2465342/1‑140 (MQ=255) cGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGc > 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1:3479307/140‑1 (MQ=255) cAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCaa < 1:3751652/140‑1 (MQ=255) aaGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATa > 2:4569354/1‑140 (MQ=255) gggCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGaa > 2:693883/1‑140 (MQ=255) ggCCGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTGAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGGGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCGACGGGCAGCAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAACAACGGaaa > 2:1523906/1‑140 (MQ=255) ggCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGaaa < 1:4663719/140‑1 (MQ=255) 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1:4234835/140‑1 (MQ=255) gACTGCAACAACCCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGCCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGt < 1:4363446/140‑1 (MQ=255) cTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTa < 1:3338949/140‑1 (MQ=255) aacGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAaccgac > 2:3098349/1‑140 (MQ=255) cgccgccgcCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAaccgaccg > 2:2527691/1‑140 (MQ=255) cgccgccgcCGTTAACGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAaccgaccg > 1:3628458/1‑140 (MQ=255) 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2:4076853/1‑140 (MQ=255) aCGCCGCCC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAg < 2:4750027/140‑1 (MQ=255) | GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑CC‑CCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAG > NZ_CP025268/3851571‑3851843 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |