| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP025268 | 1292725 = | 335 (1.130) | 169 (0.670) | 51/234 | 1.4 | 50.2% | intergenic (+182/+2) | narI/CXP41_RS06830 | respiratory nitrate reductase subunit gamma/RtT sRNA |
| ? | NZ_CP025268 | = 1293258 | 51 (0.200) | intergenic (‑44/+3) | CXP41_RS06840/CXP41_RS06845 | RtT sRNA/tRNA‑Tyr | |||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGA > NZ_CP025268/1293119‑1293396 | tCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGt < 2:875248/140‑1 (MQ=255) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTg > 2:1186400‑M2/1‑139 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCAAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTga > 2:2297698‑M2/1‑138 (MQ=255) cgttcgGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatg > 2:4261981‑M2/3‑136 (MQ=255) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGCTTGCGGATGCGCTTGCGAGTCCAGGGACTCTTGAAAGTgatg < 2:4075463‑M2/140‑5 (MQ=255) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGTACCTTAGTCGATGATTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGTAAGTgatggtg > 1:4235506‑M2/1‑133 (MQ=255) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtg > 2:4309171‑M2/1‑133 (MQ=255) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCACTCGGTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAACCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtgg > 2:3372824‑M2/1‑132 (MQ=255) agggTCGTTGCCTGCGGCGACGCTCGCTCGCTGACGCTCGAGCCGAGCCTTGGTCGAAGCTTCTCAGCCTTCCCCGCGGGGGCAGACTGTTTGATTGCGGATTCGCTTGAGGGTTCGGGGACTTTCGCACGTGAtggtgg < 2:619354/139‑1 (MQ=11) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggt > 1:3863134‑M2/1‑131 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:2456168‑M2/1‑126 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:995554‑M2/1‑126 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 2:528838‑M2/1‑126 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:2326035‑M2/1‑126 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:4803074‑M2/1‑126 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:1444271‑M2/1‑126 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGACTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:3048023‑M2/1‑126 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCCTGCTCGCTGCCGCTCGCGACGAACCTTAGTCGAAGCTTATCAACCCTCCCCGCGTGGGCAGAATACTAGATTGCGGATTCGCTTCAGAGTTCAGGGACTTTTGAACGCGATGGTGGTggggg < 2:1327995/140‑1 (MQ=255) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaa < 1:2752890‑M2/140‑17 (MQ=255) gcgtGCGGCGACGCTCTCTCGCTGACGATCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAACGTGATGGTGGTGGGGGAAg < 2:14144/137‑1 (MQ=14) ctccGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGGGCCGAGCCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCCGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:4948037/137‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaagga > 1:4541026‑M2/1‑121 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaagga > 1:4651218‑M2/1‑121 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaagga > 1:1596794‑M2/1‑121 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGGTCAGGGACTTTTGAAAGTgatgggggtgggggaagga > 1:3588647‑M2/1‑121 (MQ=255) tGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggat < 1:4150116‑M2/140‑21 (MQ=255) cGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggatta < 1:932566‑M2/140‑23 (MQ=255) cGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggatta < 1:5040404‑M2/140‑23 (MQ=255) gCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattact > 1:2035144‑M2/1‑116 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagc < 1:4325489‑M2/140‑29 (MQ=255) ctctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctg > 1:1938422‑M2/1‑108 (MQ=255) tctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgc < 2:3468833‑M2/140‑34 (MQ=255) gacgctcGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttc < 1:1194864‑M2/138‑41 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGCCTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcggttcgcccg < 2:2918318‑M2/140‑46 (MQ=255) gAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttc > 1:82381‑M2/1‑93 (MQ=255) ccTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgtt < 1:1836107‑M2/140‑56 (MQ=255) tggtcgaAGCTTCTGCCCCTTCCACGTTGTGGCAGAATATTTGATTGCGGATGCGTTTGAGAGTTCAGTGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcc > 2:3785994‑M2/4‑82 (MQ=255) agtcgAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcggttcgccgttcgggtcgttgcct < 2:1789488‑M2/138‑60 (MQ=255) gAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcgg < 1:4451405‑M2/140‑64 (MQ=255) aaGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTGCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggc < 1:534491‑M2/140‑65 (MQ=255) aGCTTCTCCTCGTTCCGCGCGTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggca > 2:1957406‑M2/1‑75 (MQ=255) aGCTTCTCATCCTTCCCCGCAAGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTGTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactaagtgctgcgcgcttcgcccttcgcgtcgttgcctgcggca < 2:4238255‑M2/140‑66 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgct > 1:4397947‑M2/1‑70 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagctctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgct < 1:4963462‑M2/140‑71 (MQ=255) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgct < 1:4285757‑M2/140‑79 (MQ=255) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgct < 2:451744‑M2/140‑79 (MQ=255) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgct < 1:383102‑M2/140‑79 (MQ=255) cccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctgg < 2:156387‑M2/140‑81 (MQ=255) 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(MQ=255) tCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAgg < 2:1846118/127‑1 (MQ=255) tCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGAt > 1:788371/1‑140 (MQ=255) tCAGGGACTGTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAGTCGAACCTGCGAAGTAGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCGCCCTTTGGCCGATCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGAt < 1:4880761/140‑1 (MQ=21) cAGCGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagtcgaaccttggtcgaagcttctcatccttccccgc > 1:86112‑M2/1‑17 (MQ=255) ggACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagtcgaaccttggtcgaagcttctcatccttccccgcatg < 1:2583289‑M2/140‑127 (MQ=255) ttttGGAGGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagtcgaaccttggtcgaagcttctcatccttccccgcatgggca > 2:382837‑M2/1‑10 (MQ=255) ttttGGAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgctcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagtcgaatcttggtcgaagcttctcatccttccccgcatgggca > 2:4413557‑M2/1‑10 (MQ=255) ttttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagtcgaaccttggtcgaagcttctcatccttccccgcatgggca > 2:2331706‑M2/1‑10 (MQ=255) ttttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgcgctcgcgctggcgctcgggccgaaccttggtcgaagcttctcatccttccccgcatgggca > 2:4612770‑M2/1‑10 (MQ=255) tttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgcgtcgaaccttcgtcgaaggttctcatccttccccgcagcgggcg < 2:3537070‑M2/140‑132 (MQ=255) tttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagtcgaaccttggtcgaagcttctcatccttccccgcatgggcag < 2:1589081‑M2/140‑132 (MQ=255) 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tttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGGAAGTGAAATTTTGCGGCAGGGCTTGCGATGgggggggg > 2:2014832/1‑140 (MQ=14) tGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTGCCTTTGGCCGGTCGGGGGCCCCACGAAGGGTAATTCAAATTTTGTAGTGATGCTTGAGATGGTGGTggggg < 1:2175839/140‑1 (MQ=18) | TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGA > NZ_CP025268/1293119‑1293396 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |