| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,215,618 | T→C | pseudogene (386/405 nt) | tfaP → | tail fiber assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,215,618 | 0 | T | C | 99.7% | 1012.0 / NA | 304 | pseudogene (386/405 nt) | tfaP | tail fiber assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (184/119); total (185/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
TAGCAGACAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCTTACGCCTCCGGCA‑GTT‑AGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATT > NZ_CP025268/1215484‑1215753 | tAGCAGACAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGc > 2:3948039/1‑140 (MQ=255) aGCAGACAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGcc < 1:2301963/140‑1 (MQ=255) aCAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCgg > 1:542924/1‑140 (MQ=255) aCAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCgg < 2:2723070/140‑1 (MQ=255) tGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑Gt > 1:3494680/1‑140 (MQ=255) tGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGAGATTGAATGGCCTACGCCTCCGTCA‑Gt > 2:244195/1‑140 (MQ=255) tGGCAGGGTAAGGCTGCACTCGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAGTTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCAATTGAACTGGTTGATACATTCAGTGCGCCAGAAATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑Gt > 2:1414326/1‑140 (MQ=25) ggCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑Gtt < 1:3732367/140‑1 (MQ=255) ggCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑Gtt < 2:3481177/140‑1 (MQ=255) gCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑Gttc > 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(MQ=255) cATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACAt > 1:1052393/1‑140 (MQ=255) ggAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGGAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGgc > 2:4370415/1‑140 (MQ=255) ggAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGgc > 1:330922/1‑140 (MQ=255) ggAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGAGTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATAGTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGgc > 2:2084076/1‑140 (MQ=18) gAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGgcg < 2:3399412/140‑1 (MQ=255) gAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGgcg < 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2:717185/1‑140 (MQ=255) gTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTct > 2:3922944/1‑140 (MQ=255) gTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTct > 1:1205099/1‑140 (MQ=255) aTACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctgcct > 2:3778015/1‑140 (MQ=255) ccAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCa > 2:66527/1‑140 (MQ=255) ccAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCa > 2:4305648/1‑140 (MQ=255) ccAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCa > 2:1644502/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGttt > 2:911602/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGttt > 1:3139245/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGttt > 1:1886635/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGT‑ATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTa > 1:815409/1‑140 (MQ=17) cgcCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTAc > 1:2700917/1‑140 (MQ=255) cAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTc > 1:4321850/1‑140 (MQ=255) cAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTc > 1:1478734/1‑140 (MQ=255) atTGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGAGCTGGGATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCAACAGGTTGCGTCCGGcc > 2:1311755/1‑140 (MQ=14) ttGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCTTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCt < 2:3658502/140‑1 (MQ=255) tGAATGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCGGGTGGTTTCTTCCTGCGGCAGTTTACTGCCGGCCTg > 2:1398333/1‑140 (MQ=14) aaTGGCCTACGCCTCCGGCA‑GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCa > 2:1692480/1‑140 (MQ=255) | TAGCAGACAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCTTACGCCTCCGGCA‑GTT‑AGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATT > NZ_CP025268/1215484‑1215753 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |