| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,459,111 | A→C | G122G (GGA→GGC) | paaA → | 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,459,111 | 0 | A | C | 99.6% | 900.7 / NA | 270 | G122G (GGA→GGC) | paaA | 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (158/111); total (159/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
GTATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCAT > NZ_CP025268/1458976‑1459245 | tgtctcTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATAGGTGTTATCggctggct > 1:4096052/3‑140 (MQ=255) tATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGATATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCggctggct > 1:4947635/1‑140 (MQ=255) tATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCggctggct > 1:3534726/1‑140 (MQ=255) tataGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGa > 1:2719505/1‑140 (MQ=255) 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atatCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGttt > 1:1291387/1‑140 (MQ=255) atatCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGttt > 1:4175471/1‑140 (MQ=255) atatCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGttt > 2:3216473/1‑140 (MQ=255) atatCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTGTCACCAGCGTCAGGGGttt > 2:4219892/1‑140 (MQ=255) tCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGaa < 1:876344/140‑1 (MQ=255) ggTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGc < 1:574721/140‑1 (MQ=255) ggTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGc < 2:1590425/140‑1 (MQ=255) ggTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGc < 1:3668342/140‑1 (MQ=255) ggTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGc > 1:4673855/1‑140 (MQ=255) gtgtTATCGGCTGGCTGGTGGGTGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGGAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTGAGGGGGTGGAAGcc > 2:2613572/1‑140 (MQ=255) gtgtTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATCCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGcc > 2:4507217/1‑140 (MQ=255) tATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCACTGCTGACAATCTGCAAAGAAGACAGCTTTCACCAGCGGACGGGGTTTGAAGCCTACa > 2:4871322/1‑140 (MQ=255) tATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCa > 2:82986/1‑140 (MQ=255) tATCGGCCGGCTGGTTGATGGCGCATCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTCCTTATGGCCCGTATGCCAGATCAATGGAAAAACTCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGCCAGGGGTTTGAAGCCTGCa < 2:2081097/140‑1 (MQ=255) aTCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCAt > 1:1024827/1‑140 (MQ=255) aTCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCAt < 1:3102944/140‑1 (MQ=255) | GTATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCAT > NZ_CP025268/1458976‑1459245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |