| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,804,700 | C→T | K39K (AAG→AAA) | rpmI ← | 50S ribosomal protein L35 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,804,700 | 0 | C | T | 97.3% | 761.0 / NA | 220 | K39K (AAG→AAA) | rpmI | 50S ribosomal protein L35 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (135/79); minor base G (6/0); total (141/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.02e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TATGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGCTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCGCA > NZ_CP025268/1804566‑1804837 | tgtgCTCTACGGTACCTATATTCTAGTTAACCAGTTCAAAACCTTAACGGCTTACGTGTACGGCAGGCACGCGCTTACCAGGCCCAAATCGGCTTTGGAACCCATGGCCTTCCGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCg < 2:3754829/140‑1 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGGTTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGAttt > 2:1359630/1‑140 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttt > 2:2985987/1‑140 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttt > 1:4037421/1‑140 (MQ=255) 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1:1863173/1‑140 (MQ=255) ggCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTGTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCAGCTTTACCGGTTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAAttttt > 1:2891456/1‑140 (MQ=255) gCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGAACCGCGTACGGTCTTAATTTTTgg < 1:4890141/140‑1 (MQ=255) gACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTta < 2:3347710/140‑1 (MQ=255) cGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTtaat < 2:188046/140‑1 (MQ=255) gCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTtaata > 2:3802968/1‑140 (MQ=255) 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2:2263014/1‑139 (MQ=255) | TATGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGCTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCGCA > NZ_CP025268/1804566‑1804837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |