| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,354,197 | G→A | L284L (CTG→TTG) | glpQ ← | glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,354,197 | 0 | G | A | 99.7% | 1292.1 / NA | 346 | L284L (CTG→TTG) | glpQ | glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (273/72); minor base C (0/1); total (273/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 349 total aligned reads displayed.
CTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAGCATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGT > NZ_CP025268/2354060‑2354332 | cTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACa > 2:152662/1‑140 (MQ=255)cTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACa < 1:3032712/140‑1 (MQ=255) aTTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACatat > 2:1459803/1‑140 (MQ=255) aTTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACatat > 1:156545/1‑140 (MQ=255) aTTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACatat > 2:2446190/1‑140 (MQ=255) tCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATgg > 1:3926507/1‑140 (MQ=255) caTCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTaa > 1:670174/1‑140 (MQ=255) tCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATc < 2:2795599/140‑1 (MQ=255) gtgtATTCAAGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATCCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTACACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACAGATGGTAATCCGGAcc < 2:3332339/140‑1 (MQ=255) tATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCg > 2:3163278/1‑133 (MQ=255) tATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AAt < 1:320070/140‑1 (MQ=255) tATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AAt > 2:1977689/1‑140 (MQ=255) tATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AAt > 2:235424/1‑140 (MQ=255) tATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AAt > 2:353476/1‑140 (MQ=255) tATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AAt > 2:4025685/1‑140 (MQ=255) tgcAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTGTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAGTCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATAc > 2:746938/3‑140 (MQ=255) gTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCa > 1:4278330/1‑140 (MQ=255) tGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTATCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTcag > 2:1926052/1‑138 (MQ=255) aCCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AAt < 2:2056765/121‑1 (MQ=255) aCCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AAt > 1:2056765/1‑121 (MQ=255) aTGCACTACCAGTTTAGTCTGCTGAGCATCTAGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACGCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCAc < 1:2846724/140‑1 (MQ=255) tGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCAcc < 1:242622/140‑1 (MQ=255) tGCACTACCAGGTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAAGCTACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCAcc > 1:4242907/1‑140 (MQ=255) cACTAGCAGTTGATTCTGCTGCGCACCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTATTCCGGACC‑CAGACCATCTGCATATTCCGCGACCTGGTTCATGGCAcgcg > 2:2218789/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTTCTTAGCATCTTGAACCATTCCAGTGGGTTTGCTAGTACCCGACTGCGCTTTCTCCTCAATCAACATATTGTGATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGTCAccct > 2:4335953/1‑139 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGGTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATAGTACTCCGGACC‑AATACCATCTGCATGTTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:3689683/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATCTTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 1:3057923/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGGTGCTATGTGTCCTCAATCAACATATGTTAATCCGTGCC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCAGCTGTTTCAGGGCAccag > 2:4628569/1‑138 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGCTGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCGGGACC‑AATACCGTCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:2521484/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATc > 2:2989437/1‑93 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCAccc > 1:1179719/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTTCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 1:2099232/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTGCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:3418558/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCTGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 1:3687590/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTTTTTCATGGCACCCg > 1:513503/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:4807870/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:2754005/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:2150861/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:2261526/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:925510/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:5004294/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:3230268/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:1886174/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 1:1023318/1‑140 (MQ=255) cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 2:1371680/1‑140 (MQ=255) 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2:437977/140‑1 (MQ=255) ctcAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGt < 2:840383/140‑1 (MQ=255) ctcAATCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGt < 1:353476/140‑1 (MQ=255) tcaatcaaCATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTc > 2:4711674/1‑140 (MQ=255) aaTCAACATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCgg > 2:1769888/1‑140 (MQ=255) | CTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAGCATATGGTAATCCGGACC‑AATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGT > NZ_CP025268/2354060‑2354332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |