| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,717,592 | C→T | R225W (CGG→TGG) | srmB → | ATP‑dependent RNA helicase SrmB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,717,592 | 0 | C | T | 99.6% | 915.0 / NA | 249 | R225W (CGG→TGG) | srmB | ATP‑dependent RNA helicase SrmB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (140/107); total (141/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CTGGCGTAAACAGACCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGCGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGCAAACTGGCTGCG > NZ_CP025268/2717456‑2717725 | cGTAAACAGACCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTa < 2:2085178/140‑1 (MQ=255) cAGACCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATAAGTGGTATTACCgcgc < 2:3236975/140‑1 (MQ=255) aCCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGACGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATGCCTCAGTGGTATTACCGCGCCga < 2:1877307/140‑1 (MQ=255) aCCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAGTCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCga > 2:4046624/1‑140 (MQ=255) 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ttCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGc > 2:4491177/1‑140 (MQ=255) ttCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGc > 1:945794/1‑140 (MQ=255) ggCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGGGGAAGTGTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATTATCTTGAGCATa > 2:4212941/1‑140 (MQ=255) cAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATaaa > 2:3162879/1‑140 (MQ=255) cGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAACAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAAcc > 1:3980098/1‑140 (MQ=255) gCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACcg < 2:926344/140‑1 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1:4382985/137‑1 (MQ=255) gTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAg > 2:238097/1‑140 (MQ=255) gTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAg > 2:3266128/1‑140 (MQ=255) tGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGc > 1:2273948/1‑140 (MQ=255) tGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGc > 1:1138607/1‑140 (MQ=255) tGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGc > 1:258762/1‑140 (MQ=255) tGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGc > 2:1810400/1‑140 (MQ=255) tGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGc > 1:9258/1‑140 (MQ=255) tGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGc > 1:4193091/1‑140 (MQ=255) gAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCt < 1:794943/140‑1 (MQ=255) aGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTg > 1:2536601/1‑140 (MQ=255) aGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTg > 1:3131123/1‑140 (MQ=255) aGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTg > 2:1394765/1‑140 (MQ=255) cgcAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCGGGTGCATCTGGTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTAAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGc > 2:1403542/1‑140 (MQ=255) aaaTTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGCAAACTgg < 1:3158583/140‑1 (MQ=255) ttCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGCAAACTGGCTg > 1:4721535/1‑140 (MQ=255) catcaGTGGGATTACCGCTCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCTGTGCGGGTGCATCTGATAATACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATCGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGCAAACTGGCTgcg < 2:1257442/140‑1 (MQ=255) | CTGGCGTAAACAGACCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGCGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGCAAACTGGCTGCG > NZ_CP025268/2717456‑2717725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |