| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,219,051 | T→C | K238E (AAG→GAG) | aer ← | aerotaxis sensor receptor Aer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,219,051 | 0 | T | C | 99.4% | 1155.7 / NA | 353 | K238E (AAG→GAG) | aer | aerotaxis sensor receptor Aer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (132/217); total (133/220) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
TTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGCACA > NZ_CP025268/3218914‑3219186 | ttcagttcaTCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCt > 1:724740/1‑140 (MQ=255) ttcagttcaTCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCt > 1:3526340/1‑140 (MQ=255) tcagttcaTCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTg < 2:4649089/140‑1 (MQ=255) cagttcaTCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGc > 1:3196688/1‑140 (MQ=255) cagttcaTCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGc > 1:3763337/1‑140 (MQ=255) ttcaTCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGAt > 2:5228/1‑140 (MQ=255) tCGGTGCCTTTCGCCAGCTTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAg < 1:186596/140‑1 (MQ=255) tCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAg < 1:2160963/140‑1 (MQ=255) tCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAg < 1:3785511/140‑1 (MQ=255) cGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGa < 1:3685486/140‑1 (MQ=255) cGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGa < 2:2507887/140‑1 (MQ=255) gCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCCGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCt < 1:3920883/140‑1 (MQ=255) gCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCt < 2:334095/140‑1 (MQ=255) gCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATAAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCt < 2:82664/140‑1 (MQ=255) gCCGTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGCCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCt < 2:3633942/140‑1 (MQ=255) ccTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTc > 1:655574/1‑140 (MQ=255) tttCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCaa < 2:5072660/140‑1 (MQ=255) tttCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCaa < 2:1236765/140‑1 (MQ=255) tttCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCaa < 2:3939706/140‑1 (MQ=255) tttCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTAACGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCaa < 2:4005970/140‑1 (MQ=255) aGCGTCTCACTGCCATTTCGGACACTGGACACCTGGATTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTAtt < 1:702965/140‑1 (MQ=255) cGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTAc > 1:4095378/1‑140 (MQ=255) cACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTtct > 1:5092756/1‑140 (MQ=255) gCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCgg < 1:592665/140‑1 (MQ=255) gCCATTTCGCACACTGGACGCCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCgg < 2:2320446/140‑1 (MQ=255) cATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTc < 1:1169250/140‑1 (MQ=255) tttCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGc < 1:2520884/140‑1 (MQ=255) tttCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGc > 1:2206199/1‑140 (MQ=255) tttCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGc < 2:2918777/140‑1 (MQ=255) tCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCa < 2:4886873/140‑1 (MQ=255) tCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCa < 2:1701658/140‑1 (MQ=255) acacTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCtt < 1:513738/140‑1 (MQ=255) acacTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCtt < 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cTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGAt > 2:5096880/1‑140 (MQ=255) gCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCaa > 2:2244972/1‑98 (MQ=255) ttGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCa < 1:1786438/140‑1 (MQ=255) ttGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCa < 1:2876942/140‑1 (MQ=255) ttGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCCCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCa > 2:681925/1‑140 (MQ=255) ctGAGACATCGTTAATTCGCCAACGTCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCa < 2:3039530/139‑1 (MQ=255) 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cGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCcaacaa < 1:3146152/140‑1 (MQ=255) aaTGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATAc > 2:2794055/1‑140 (MQ=255) aaTGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATAc < 1:880339/140‑1 (MQ=255) tatCAGCCCCAGCTCACCGAATCGATCCAGATCCTCAACACTAATCCGTTCTCCGGTCGCCACCTTCACTGCCTGATGGGCAACACTTTCTATCGGGCGCAC‑AACCTCCCATGCAACCTAGCCGCTAGCCAACAATCCCa < 2:1840578/138‑1 (MQ=255) tGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTTCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCa > 2:565782/1‑140 (MQ=255) tGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCa > 1:4617031/1‑140 (MQ=255) tGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCa > 2:757918/1‑140 (MQ=255) tCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACt < 1:2018629/140‑1 (MQ=255) ccccAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACg > 1:2431420/1‑140 (MQ=255) ccAGCTCATCGCTGCGATTCCGATGCTCAACACTATTCCGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACAGTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAGTACCACTAACGca < 2:968196/140‑1 (MQ=255) ccAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTCTTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGca < 2:346577/140‑1 (MQ=255) 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1:3579230/140‑1 (MQ=255) cAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGACAACAATACCACTAACGcac < 1:108490/140‑1 (MQ=255) cAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCCCAACACTATTCCGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGcac < 2:656416/140‑1 (MQ=255) cgCTCATCGCTGCGAGTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTAGCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTGAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACGACTGACGcaga < 2:717745/139‑3 (MQ=255) aGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGcaca < 2:1107846/140‑1 (MQ=255) aGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGcaca < 1:2986078/140‑1 (MQ=255) 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2:130543/140‑1 (MQ=255) | TTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCAC‑AATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGCACA > NZ_CP025268/3218914‑3219186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |