Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 3,309,691 | A→G | intergenic (‑82/+26) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,309,691 | 0 | A | G | 95.1% | 911.2 / 20.8 | 287 | intergenic (‑82/+26) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (123/150); minor base C (10/4); total (133/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
CAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAC > NZ_CP025268/3309561‑3309827 | cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCg > 1:5025982/1‑140 (MQ=255) cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCg > 1:2516434/1‑140 (MQ=255) aaGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCgg < 1:1503530/140‑1 (MQ=255) aaGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCgg < 1:3658948/140‑1 (MQ=255) gTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAggg < 1:1038111/140‑1 (MQ=255) tAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGc > 1:1869744/1‑140 (MQ=255) tAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGc < 2:1236371/140‑1 (MQ=255) aGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCaa > 2:4949705/1‑140 (MQ=255) tGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAAt < 2:1847162/140‑1 (MQ=255) cTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATgg < 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1:1362014/1‑140 (MQ=255) aTTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTc < 2:952717/140‑1 (MQ=255) ttCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCg > 2:2551350/1‑140 (MQ=255) ccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTTTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtg < 2:3345992/140‑1 (MQ=255) ccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtg < 1:468443/140‑1 (MQ=255) aCTCCCGAAGACCACGGTTGAATCAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgct < 1:9131/140‑1 (MQ=255) 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1:717657/140‑1 (MQ=255) tGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAg < 1:3759887/140‑1 (MQ=255) gcaatcAAGGCGGCCTGCCCGTTTAAAC‑GCCCCCCG‑CCGCACCCGACGGCAAACGCCAACCTTTCTCGCCCTGCCCCCCCGCCGGACCGTCCGGTCTCGTAGCAGGATGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCCGa < 2:1964774/135‑1 (MQ=255) gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGa < 1:4159122/140‑1 (MQ=255) gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGa < 1:4770974/140‑1 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 1:4483588/1‑140 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 1:544200/1‑140 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 1:2114908/1‑140 (MQ=255) aaCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTTAGACgg > 2:3835297/1‑140 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 1:3260275/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 2:1052897/140‑1 (MQ=255) ggCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAGCTTCCTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGCGCTTCCGGTGCTCCAGCAGGTTGAGACTGCTGAGTCGCCTCTTTAATGAACAGACGGATACg > 2:804203/1‑140 (MQ=255) ggCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACg > 2:4571180/1‑140 (MQ=255) ggCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACg > 2:4838168/1‑140 (MQ=255) ggCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACg > 2:972438/1‑140 (MQ=255) tCCTGCTCGGTTAAAATC‑CCCCCG‑CCGCAGCGGACGGCAAATGGCAACCTGACTCGCCCTTTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTGTCTTTTTTAATGCTCAGACGGATATGGccc < 2:3630473/140‑1 (MQ=255) tCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCGAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc > 1:2687015/1‑140 (MQ=255) tCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc < 2:2949934/140‑1 (MQ=255) tCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc > 2:3964800/1‑140 (MQ=255) tCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc < 1:4958706/140‑1 (MQ=255) cTGCCCGGGTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTg > 2:3202350/1‑140 (MQ=255) gTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCa < 2:2085699/140‑1 (MQ=255) aaagccccccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATGAACtt > 1:1755556/6‑140 (MQ=255) agccccccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTcc > 1:4352273/4‑140 (MQ=255) cccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAc > 2:2287233/1‑140 (MQ=255) | CAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAC > NZ_CP025268/3309561‑3309827 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |