| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,435,263 | A→G | T122A (ACA→GCA) | fmt → | methionyl‑tRNA formyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,435,263 | 0 | A | G | 98.7% | 1023.6 / NA | 307 | T122A (ACA→GCA) | fmt | methionyl‑tRNA formyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (100/202); minor base T (2/2); total (102/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
ACTGGTCGCCGAACTGCAGGCTGATGTTATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGAGATGCCGCGTCTTGGCTGTATCAACGTTCATGGTTCACTGCTGCCACGCTGGCGCGGTGCTACACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGTA > NZ_CP025268/3435127‑3435398 | ccTGGTCGCCGAACTGCCGTCTGCTGATATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGCGACGCCCCCTCTTGGCTGTCGCAACGTTCATGGGTCACTGCTGCCACGCGGGCGCGGTGCTgcac < 2:2604899/139‑1 (MQ=255)aCTGGTCGCCGAACTGCAGGCTGATGTTATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGAGATGCCGCGTCTTGGCTGTATCAACGTTCATGGTTCACTGCTGCCACGCTGGCGCGGTGCTgcac < 1:865572/140‑1 (MQ=255)aCTGGTCGCCGAACTGCAGGCTGATGTTATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGAGATGCCGCGTCTTGGCTGTATCAACGTTCATGGTTCACTGCTGCCACGCTGGCGCGGTGCTgcac < 1:1854253/140‑1 (MQ=255) gCCGAACTGCAGGCTGATGTTATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGAGATGCCGCGTCTTGGCTGTATCAACGGTCAGGGTTCACTGCTGCCACGCTGGCGCGGGGCTGCACCAATCCa > 2:1948955/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGCGCGGTGCTGCACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATAc < 2:555436/140‑1 (MQ=255) tGGCGCGGTGCTGCACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATAc < 1:956650/140‑1 (MQ=255) tGGCGCGGTGCTGCACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATAc < 2:2723236/140‑1 (MQ=255) cgcgGTGCTGCACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGGTGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGGAGATACCAg > 2:2968143/1‑140 (MQ=255) cgcgGTGCTGCACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGACGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAg < 1:4056654/140‑1 (MQ=255) gTGCTGCACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGt > 1:2198384/1‑140 (MQ=255) tgctgcCCCCATCCAACGGTCACTATGGGCGGGTGATTCAGAAACTTGTGTGAACATTATTCAAATGGATGTCGGTTTAAAAACCGGTGATATTCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGTa < 1:3443692/140‑1 (MQ=255) tgctgcACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTg > 2:1666832/1‑122 (MQ=255) tgctgcACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGTa > 1:1277458/1‑140 (MQ=255) tgctgcACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGTa < 1:5046939/140‑1 (MQ=255) | ACTGGTCGCCGAACTGCAGGCTGATGTTATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGAGATGCCGCGTCTTGGCTGTATCAACGTTCATGGTTCACTGCTGCCACGCTGGCGCGGTGCTACACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGTA > NZ_CP025268/3435127‑3435398 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |