| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 4,326,801 | G→A | P97L (CCG→CTG) | phnC ← | phosphonate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 4,326,801 | 0 | G | A | 99.0% | 1065.1 / NA | 287 | P97L (CCG→CTG) | phnC | phosphonate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (109/174); minor base C (0/3); total (110/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
CATGCCAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAAC > NZ_CP025268/4326665‑4326936 | cATGCCAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGt < 1:201259/140‑1 (MQ=255) tGCCAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTg < 2:784221/140‑1 (MQ=255) tGCCAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCGCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTg < 2:2296479/140‑1 (MQ=255) gCCAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGa > 2:1527968/1‑140 (MQ=255) ccAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGaa < 1:507383/140‑1 (MQ=255) ccAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGaa < 1:2343877/140‑1 (MQ=255) aCGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAAttg < 1:1006004/140‑1 (MQ=255) aCGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAAttg > 1:4106915/1‑140 (MQ=255) aCGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAAttg < 2:2800546/140‑1 (MQ=255) aCGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAAttg > 1:2633782/1‑140 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ccGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGat > 2:2973420/1‑140 (MQ=255) ccGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGat > 1:3168876/1‑140 (MQ=255) tGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATcg > 2:4166639/1‑140 (MQ=255) tGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATcg < 2:956805/140‑1 (MQ=255) gCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCa > 2:4365144/1‑140 (MQ=255) tAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAgg < 1:600737/140‑1 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(MQ=255) cAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGata < 1:637923/140‑1 (MQ=255) cAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGata < 2:4878971/140‑1 (MQ=255) tCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATgg < 1:3095792/140‑1 (MQ=255) tCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATgg < 1:3573698/140‑1 (MQ=255) gTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGa < 1:2561348/140‑1 (MQ=255) tctcCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACa > 1:1392126/1‑140 (MQ=255) tctcCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACa > 1:1645148/1‑140 (MQ=255) tctcCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACa > 1:2131580/1‑140 (MQ=255) aGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGAttt > 2:2008973/1‑140 (MQ=255) cGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATCTGGCTACCGACAGATTTATCg > 2:2605137/1‑140 (MQ=255) tcTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAGTATGTAGCCGGGATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCGTCGCGCTGGTCGGTGCGGGCCGGCTGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGc > 2:2737661/2‑140 (MQ=255) cTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGcc < 2:1344571/140‑1 (MQ=255) tCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCt < 1:210875/83‑1 (MQ=255) tCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCt > 2:210875/1‑83 (MQ=255) tCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCTGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTAGCGCCg > 2:785927/1‑140 (MQ=255) tCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCg < 2:204129/140‑1 (MQ=255) tCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTGATCTCCg > 1:899442/1‑140 (MQ=255) tCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCCACAGATTTATCGCCg > 2:4073873/1‑140 (MQ=255) tCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATCGCTACCGACAGATTTATCGCCg > 2:2822464/1‑140 (MQ=255) tCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGGATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCg > 1:2460441/1‑140 (MQ=255) gTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCa < 2:1136823/140‑1 (MQ=255) tCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCaaa < 2:1481256/140‑1 (MQ=255) | CATGCCAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAAAC > NZ_CP025268/4326665‑4326936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |