| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 4,435,089 | T→C | *287* (TAA→TAG) | qorB ← | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 4,435,089 | 0 | T | C | 99.4% | 561.0 / ‑5.6 | 167 | *287* (TAA→TAG) | qorB | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (110/56); minor base G (0/1); total (110/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GCTAACAGGGCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAATTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCAT > NZ_CP025268/4434950‑4435223 | gCTAACAGTGCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACGGGCAGCCATTGCTCTGTCAGAAGAAAGTTCAGCAAGCAGACATGATTGATCCCGGCATCCCGTCATGATCATATAGGATGCTTTTGTATGCCACTTtacttaat > 2:187163/1‑140 (MQ=255) gggCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttat > 1:17652/1‑140 (MQ=255) ggCGTAGAGCACGCAGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCCGAAGAAAGTTCATGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatt < 2:769326/140‑1 (MQ=255) ggCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatt < 2:1459619/140‑1 (MQ=255) gCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatta < 2:2578172/140‑1 (MQ=255) gCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatta < 1:2792743/140‑1 (MQ=255) ccGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTCATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatta < 2:3390379/139‑1 (MQ=255) cGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTaa > 1:878167/1‑140 (MQ=255) gTACAGCACGCCGCTGATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAGGTTCGGGAAGCGGACATGAGCGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGACGCCACTTTACTTCACTAGGTATTAAc > 2:1057154/1‑140 (MQ=255) gTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCGCTTTAATTAACTAGTTATTAAc > 2:4548581/1‑140 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aTGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGcc > 1:5047126/1‑140 (MQ=255) tGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCa > 1:4702311/1‑140 (MQ=255) tGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCa > 2:2345712/1‑140 (MQ=255) tGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCa > 2:3327548/1‑140 (MQ=255) tGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCa > 1:5037083/1‑140 (MQ=255) gaTGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGa > 2:4716735/1‑140 (MQ=255) gaTGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGa > 1:4401789/1‑140 (MQ=255) gaTGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTGGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGa > 1:2989194/1‑140 (MQ=255) gCCCCTTTAATTAACTAGTTATTAACAATAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAGCGTCAGAATc > 2:3759801/1‑140 (MQ=255) taattaacTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGc < 1:1251301/140‑1 (MQ=255) attaactaGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCat < 1:2734383/140‑1 (MQ=255) | GCTAACAGGGCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAATTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCAT > NZ_CP025268/4434950‑4435223 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |