Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 443,691 | T→C | intergenic (‑126/‑42) | panE ← / → yajQ | 2‑dehydropantoate 2‑reductase/nucleotide binding protein YajQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 443,691 | 0 | T | C | 99.7% | 1083.0 / NA | 322 | intergenic (‑126/‑42) | panE/yajQ | 2‑dehydropantoate 2‑reductase/nucleotide binding protein YajQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (229/91); minor base A (0/1); total (230/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
GGTAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGAC > NZ_CP025268/443554‑443825 | ggTAATTTTCATTGTTCCTGCTCACCCGCAACCACTGCGGGTGTTCAGTAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGTCTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCgg < 2:5079364/140‑1 (MQ=255) ggTAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCgg < 1:4353462/140‑1 (MQ=255) tAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTCTCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGt > 2:3248738/1‑140 (MQ=255) ttCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGtattat > 1:4998112/1‑140 (MQ=255) ttCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGtattat > 1:3362236/1‑140 (MQ=255) tGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTc > 1:4112103/1‑140 (MQ=255) ccctcACCCGCAACCACTCCGGGTGTTGAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGGTGTTGCGACTATGCACAATTAAGAGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTACGCTTCGCATCa < 2:3469683/139‑1 (MQ=255) cccGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATg > 2:4800068/1‑140 (MQ=255) cAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAgg > 1:4560704/1‑140 (MQ=255) cAAACACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAgg < 1:349926/140‑1 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cAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCa < 1:1933486/140‑1 (MQ=255) ggCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTc > 2:2595656/1‑140 (MQ=255) ggCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGGTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTc < 2:3539838/140‑1 (MQ=255) gCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCg < 1:1670843/140‑1 (MQ=255) cTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGGTACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCTGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGATGGGAAAGGATGCCATCTTTTGa > 2:42960/1‑140 (MQ=255) cTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGTTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTGCGa > 2:42739/1‑140 (MQ=255) cTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGa > 1:2167154/1‑140 (MQ=255) aTCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGata > 2:4202374/1‑140 (MQ=255) aTCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGata > 1:4452521/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCGCAATTAACGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTGAACTTCGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat < 2:4245761/140‑1 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 1:4942005/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat < 1:4949864/140‑1 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 1:3392468/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 1:5085103/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 2:1245641/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 2:1173968/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 2:2149231/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 1:4548255/1‑140 (MQ=255) aTTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCCTCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTctct > 2:4826471/1‑140 (MQ=255) tgtgCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGa < 2:4909579/140‑1 (MQ=255) gtgCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGaa > 1:2516077/1‑140 (MQ=255) tgCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATGTTGTCTCTGAAg > 2:2882597/1‑140 (MQ=255) tgCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAg > 2:1500688/1‑140 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(MQ=255) tGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCcg > 1:2818636/1‑140 (MQ=255) cAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGATACGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCcgcg < 1:4232752/140‑1 (MQ=255) ggACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGaa > 2:3720476/1‑140 (MQ=255) ggACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGaa > 1:4704173/1‑140 (MQ=255) ggACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGaa > 1:3252641/1‑140 (MQ=255) ggACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGaa > 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tCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAg > 1:1984295/1‑140 (MQ=255) tCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAg > 2:4700690/1‑140 (MQ=255) tCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAg > 1:4141915/1‑140 (MQ=255) tATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCg > 2:2084436/1‑140 (MQ=255) tATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCg > 1:2537742/1‑140 (MQ=255) tttAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGtt < 1:1218064/140‑1 (MQ=255) ttAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGttt > 2:2167896/1‑140 (MQ=255) tAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGtttt < 2:670650/140‑1 (MQ=255) cTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGAc < 1:2279983/140‑1 (MQ=255) cTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGAc < 2:4538815/140‑1 (MQ=255) cTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGAc < 2:2701371/140‑1 (MQ=255) | GGTAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGAC > NZ_CP025268/443554‑443825 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |