| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 633,795 | 2 bp→GC | [ybdL]–[ybdM] | [ybdL], [ybdM] | |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 633,795 | 0 | A | G | 99.6% | 794.7 / NA | 236 | *387* (TAA→TAG) | ybdL | methionine‑oxo‑acid transaminase |
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| * | NZ_CP025268 | 633,796 | 0 | T | C | 99.2% | 782.1 / ‑5.4 | 236 | *210* (TAA→TAG) | ybdM | ParB/RepB/Spo0J family partition protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (95/138); minor base A (1/1); total (97/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAATTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCAT > NZ_CP025268/633663‑633925 || gAGCACGGCGTAGCGGCTTGTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAGGAAGGAATCGACGTTGCTGGCCGCAGCTGAACGCGTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 2:5081051/140‑1 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 2:3155622/140‑1 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 1:688484/140‑1 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 1:4728510/140‑1 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa > 1:4350462/1‑140 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa > 1:1588863/1‑140 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCAGATCCCTTCCCCCATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 2:3654215/140‑1 (MQ=255) aGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAAc > 1:3190671/1‑140 (MQ=255) cGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTc > 2:702582/1‑140 (MQ=255) cGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTc > 1:4498823/1‑140 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gcgATTCCGCTGTAGGTGTGTTACGTCGTCCGCTGCCTACATAGACTGATTCGGCTATGTTTTGCCAAGAAGGAATCGCCGTTGCGGGCAGGAGCTGATCGCTTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCggg < 2:800176/140‑1 (MQ=255) cgATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGa < 1:2717320/140‑1 (MQ=255) aTTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATACACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCGGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAat > 2:292744/1‑140 (MQ=255) aTTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAat > 1:1989369/1‑140 (MQ=255) aTTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAat > 2:4161676/1‑140 (MQ=255) aTTACGCTGTCGGTGGTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACGGTCCAGGCGCGGGAat > 2:4990743/1‑140 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cGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAg > 2:4457263/1‑140 (MQ=255) tGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGTCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGctc > 1:4764346/1‑140 (MQ=255) cTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCtt > 1:762704/1‑140 (MQ=255) gcagcaGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGc < 2:4641270/140‑1 (MQ=255) gcagcaGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGc < 1:3973291/140‑1 (MQ=255) cagcagCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGcc < 1:2216157/140‑1 (MQ=255) cagcagCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGcc < 2:2402301/140‑1 (MQ=255) cagcagCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGcc < 1:3799700/140‑1 (MQ=255) cagcagCTGAACGCCGGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGcc < 2:1224553/140‑1 (MQ=255) gcTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAAttt < 2:387206/140‑1 (MQ=255) aCGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTttatta < 1:3119412/140‑1 (MQ=255) aCGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTttatta < 1:1248589/140‑1 (MQ=255) cGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTtattat < 1:2067968/140‑1 (MQ=255) cTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGt < 1:4180437/140‑1 (MQ=255) tGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtc < 2:2216200/140‑1 (MQ=255) tGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtc < 2:1887012/140‑1 (MQ=255) gcgcCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCACTTTTATTATCGtcc > 1:910392/1‑140 (MQ=255) gcgcCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtcc > 1:245300/1‑140 (MQ=255) gcgcCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtcc > 2:4977978/1‑140 (MQ=255) ccAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtcccat > 1:3493558/1‑140 (MQ=255) ccAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtcccat > 1:4859514/1‑140 (MQ=255) || GGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAATTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCAT > NZ_CP025268/633663‑633925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |