| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,292,822 | 2 bp→GG | noncoding (36‑37/132 nt) | CXP41_RS06830 ← | RtT sRNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,292,822 | 0 | A | G | 86.8% | 527.9 / 94.8 | 337 | noncoding (37/132 nt) | CXP41_RS06830 | RtT sRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/17); new base G (107/182); total (136/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | NZ_CP025268 | 1,292,823 | 0 | A | G | 99.1% | 854.0 / NA | 337 | noncoding (36/132 nt) | CXP41_RS06830 | RtT sRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (134/198); total (136/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
GCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTC > NZ_CP025268/1292690‑1292949 || gCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAg < 1:1282173/140‑1 (MQ=18)cggattcgcttgagagttcagggacttttgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCGCTCGCGGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAg < 2:362864‑M1/105‑1 (MQ=255) ttcgcttgagagttcagggacttttgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTtc > 1:1001143‑M1/32‑140 (MQ=255) gAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTtct > 1:476346/1‑140 (MQ=255) 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2:2655858/140‑1 (MQ=17) tAAGAGGTTTCGGGTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAt < 2:476346/140‑1 (MQ=14) cttgagagttcagggacttgtgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAt > 1:2197875‑M1/28‑140 (MQ=255) tgagagttcaggggcttttgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATcc > 1:3952598‑M1/26‑140 (MQ=255) gagagttcagggacttgtgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGGGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTATCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTAGTCgcaggttctgatact < 2:2318115‑M1/116‑7 (MQ=255) gagttcagggacttttgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTc > 1:385896‑M1/23‑140 (MQ=255) 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1:3270585/140‑1 (MQ=11) ttAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCa < 2:1242713/140‑1 (MQ=11) ttAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCa < 2:3885090/140‑1 (MQ=11) tttgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAg < 2:3537217‑M1/131‑1 (MQ=255) tttgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAg < 1:794816‑M1/131‑1 (MQ=255) tttgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAg < 1:3584736‑M1/131‑1 (MQ=255) tttgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCGGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAg < 1:3240349‑M1/131‑1 (MQ=255) ttgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa > 1:4852782‑M1/9‑140 (MQ=255) aGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATAtt < 2:3264967/140‑1 (MQ=11) ggGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCGGCGCTGCGCGCTTCGCGCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCGCGAGCCGAACCTTTGTCGGAGGTTCTCATCCTGCCCCGCATGGGCAGACTAttt > 2:467848‑M1/3‑140 (MQ=255) tGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATattta < 1:1198081‑M1/139‑2 (MQ=255) cGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCa > 2:419442/1‑131 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GTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGa > 2:4261068‑M1/1‑140 (MQ=255) TGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGAt > 2:2541857‑M1/1‑140 (MQ=255) TGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGAt > 1:1162880‑M1/1‑140 (MQ=255) TGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGAt > 1:2480355‑M1/1‑140 (MQ=255) GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGAtt > 1:501567‑M1/1‑140 (MQ=255) GGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCTTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAATCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTGGGTGAGAATATTTGATTGCGgatcc < 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1:2017102/140‑1 (MQ=14) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtgg < 1:3493861/140‑1 (MQ=14) gggTCGTTGCCTGCGGGAAAGCGCTTGCGCTGGCGCTGCAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTCCTCATTCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATCCGTCTGGGAATTCCGGGGCTTTTGCAAGTGAtggaggt < 2:3620554/140‑1 (MQ=2) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtggt < 2:1028505/140‑1 (MQ=11) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 1:3164727/140‑1 (MQ=14) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 1:1147357/140‑1 (MQ=14) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTTGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATGCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 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> 1:241509/1‑140 (MQ=11) ggcTGCGGCAGCGGTCGCTCGCTGGTGCTCAGGTCGACAGTGGGTCGAAGCTTCGCCTCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGGATTCCGGGGCTTTTGGAAGTGATGGTGGTGGGGGAAg < 2:3033830/138‑1 (MQ=2) gCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAg < 2:2102224/140‑1 (MQ=14) gCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAg < 1:2104991/140‑1 (MQ=14) cTGCGGCATCGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:3940547/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:2930482/140‑1 (MQ=11) ggCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTCAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAc < 2:4437812/140‑1 (MQ=14) taCGCTATCCCGCTGGAGCTCAAGTGGTACCGACGTCGAAGCTTCGCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCa < 1:1419340/139‑1 (MQ=14) ctctctCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc > 1:153682/1‑140 (MQ=14) tctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGACAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgc < 1:3650547/140‑1 (MQ=17) gctcGCTGGCGCTCAAGTCGAGCCTTGTTCAAAGCTTCTCCTCCTACCCCGCTTGGGCAGAGTATTTTAGTGCGGAGTGGTTGGAGAGTTTCGGGGCCTGTGGAAGTGATGGGGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgc < 2:3514735/139‑1 (MQ=2) gggCGCTCAAGTCGAACGTGGGTCGAAGCTTATCATCCGTCCACGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGAGTAGTTTGAGGATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCtt < 2:935521/139‑1 (MQ=14) ggCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCCGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCACCTCTGCGTGCTTc > 2:3975700/1‑140 (MQ=14) gcgcTCAAGTCGAAACTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg < 2:514804/140‑1 (MQ=17) gAGCCGACCGTTGATCGTAGCGTCTGACCCGTCCCCGCGGTGGCAGAATATTAGATTGGGGATTCGTTTGAGGGTTCGGGGATTTTTGGAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 2:2018806/140‑1 (MQ=2) aagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 1:596807/136‑1 (MQ=17) aagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 1:4504420/136‑1 (MQ=14) || GCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTC > NZ_CP025268/1292690‑1292949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |