Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,146,507 | +T | pseudogene (1028/1643 nt) | flgK → | flagellar hook‑associated protein FlgK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,146,507 | 1 | . | T | 98.3% | 1081.3 / 6.8 | 305 | pseudogene (1028/1643 nt) | flgK | flagellar hook‑associated protein FlgK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/4); new base T (128/169); total (129/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
ACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑G‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAT > NZ_CP025268/1146368‑1146639 | cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGAGGCTAACGGCGAGGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gt > 2:5476633/1‑139 (MQ=255) gCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gtg < 1:4369253/140‑3 (MQ=255) gCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gtg > 2:3222447/1‑138 (MQ=255) ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gtgac > 1:641519/1‑136 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gtgacg > 2:2979369/1‑135 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gtgacg > 1:5115136/1‑135 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gtgacg > 2:288619/1‑135 (MQ=255) gACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACAGCCAACACAAAGCCGGATGAGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATGGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAATCAAA‑G‑GTGACGtt > 2:4843585/1‑140 (MQ=255) gACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGtt > 2:2851989/1‑140 (MQ=255) aCAACCGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGACTTGACGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTg < 2:659628/140‑1 (MQ=255) cAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGc > 1:1930236/1‑140 (MQ=255) aaCTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCg < 1:1551518/140‑1 (MQ=255) cgggCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCGTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 2:3071499/138‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGGGTCTTTCAACACCCAACACCAAGCCGGATTTGATGCTCACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCGGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCAAt > 2:339441/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCATCACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 2:5188659/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAACGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 2:3556587/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 2:2673250/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 2:852834/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 1:4681039/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 2:1005666/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt > 1:4025046/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt > 2:3271191/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 1:1636299/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 1:2307018/140‑1 (MQ=255) cTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACCCCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATCTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAGAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGc < 2:2389116/140‑1 (MQ=255) ggCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCa < 1:3835946/140‑1 (MQ=255) cATTCGACGCGGCTTTCCACACACAACACAACGCCGGATTTGCTGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCCATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAACCACGAACAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACg < 2:3051323/140‑1 (MQ=255) aTTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACgg < 1:4609048/140‑1 (MQ=255) aTTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACgg < 1:4072522/140‑1 (MQ=255) aTTTGCCCAGGCTTTCAACACCCAACGCAAAGCCGGACTTGATGCTAACGGCGATTCCGGTGAACATTTCTTTGCTATCGGTGAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGACACTCAAA‑G‑GCGACGTTGCGATCGGTGCCACgg < 2:1760813/140‑1 (MQ=255) gCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAAc > 1:2658488/1‑140 (MQ=255) gCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAAc > 1:1864262/1‑140 (MQ=255) aGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt < 2:1541260/140‑1 (MQ=255) aGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt > 2:4753817/1‑140 (MQ=255) aGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt > 1:3341717/1‑140 (MQ=255) gCTTTCCACCCCCAACACACCGCCGGCTTCGACGCTAACGGCGATGCCGCTGAAGATTACTTTGCTCTCGATAATCCCCCGGTTCTTCAAAACCCGAAAAACACA‑G‑GTGACGTCGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc < 2:3122338/140‑1 (MQ=255) tttCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTGAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCt < 2:1323097/140‑1 (MQ=255) tttCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCt < 1:5247116/140‑1 (MQ=255) cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 1:2925249/140‑1 (MQ=255) cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg > 1:3042203/1‑140 (MQ=255) cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 2:5325758/140‑1 (MQ=255) cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 1:4945000/140‑1 (MQ=255) acacCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcgcg < 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(MQ=255) acacAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTgg > 2:4466148/1‑140 (MQ=255) cacaAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGc > 1:2494932/1‑140 (MQ=255) caAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 1:3698334/140‑1 (MQ=255) aaGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACa > 1:125641/1‑140 (MQ=255) gATTTGATGCTAACGGCGATGCTGGTGAAGATTTCGTAGCTAGCGGTAAGCCAGCGGTGCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAGCTGATGTCTCCGCAGTACTAGCGACAGGTTaa > 2:710412/1‑139 (MQ=255) gATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTAc > 1:1518126/1‑140 (MQ=255) gATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACGGGAGACAGATTAc > 2:4093523/1‑140 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 1:4204380/140‑1 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 1:1432633/140‑1 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 1:4263329/140‑1 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 2:3665152/140‑1 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 1:1275786/140‑1 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt > 1:2358686/1‑140 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGGACTGGCGACAGATGACAAAATCTCGtt > 1:1172070/1‑140 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCGCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCggt < 2:2206226/140‑3 (MQ=255) tGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataata > 1:2126819/1‑140 (MQ=255) gCCGGTGAAGATTGCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTATGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCAGCGGTATTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGAtaagaa > 2:4424665/1‑140 (MQ=255) aaGATTTAGTTGAGATCGGTAAGCGCGCGGTTCTGCAAAGCACGAAAATCAGA‑G‑GTGACTTTGCGATCGGTGCGACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTgg < 2:2813782/140‑1 (MQ=255) aGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAATATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGc > 2:3702832/1‑140 (MQ=255) aGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGc < 2:2467455/140‑1 (MQ=255) aGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGc < 1:2772839/140‑1 (MQ=255) gATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCa < 1:343925/140‑1 (MQ=255) gATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCa < 2:508983/140‑1 (MQ=255) ctctGCTATCGGCAAGACCGCGGTTCTGCAAAACCCGAAAACCAAA‑G‑GTGACGTTGGGATCGGTGACACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGCTTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCACGtaa < 2:600531/137‑3 (MQ=255) tGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACTAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCAccc < 2:5507655/140‑1 (MQ=255) tATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGcc > 1:1014588/1‑140 (MQ=255) aTCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCt > 1:2870839/1‑140 (MQ=255) tCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCtt < 1:987102/140‑1 (MQ=255) gTAAGCCCGCGGTTCAGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCAGGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGTGACAGAGTACAAAATCTCGTTCGATAATAATGAGTGGCAGGTCACCCGCGTTGcg > 2:3617435/1‑139 (MQ=255) aaGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAg < 1:3534067/140‑1 (MQ=255) aGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGc < 2:5581294/140‑1 (MQ=255) cccGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCaa > 2:1085691/1‑140 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACGCGAGAAACAAA‑G‑GTGACGCTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 2:3876893/140‑1 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACCAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAGGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 2:4314741/140‑1 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc > 1:3525780/1‑140 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 1:3123569/140‑1 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 1:2526272/140‑1 (MQ=255) cgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAcc > 1:1305633/1‑140 (MQ=255) cgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAcc > 1:4422151/1‑140 (MQ=255) ggTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCa < 1:3222447/140‑1 (MQ=255) tGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCAATCGGTGCCACTGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGATCACGCGCCTTGCCAACAATACCACtttt > 2:4263793/1‑140 (MQ=255) gCAAAACACGAAAAACAAA‑GTT‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTa < 2:501527/140‑1 (MQ=255) aaaCACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACgg < 2:1584787/140‑1 (MQ=255) cacGAAAAACAAAGG‑G‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGCCAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa < 2:2021666/140‑1 (MQ=255) 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1:4191434/1‑140 (MQ=255) aaaaCAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCg < 1:541980/140‑1 (MQ=255) | ACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑G‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAT > NZ_CP025268/1146368‑1146639 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |