Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_CP025268 | 2,033,768 | (C)5→6 | pseudogene (190/920 nt) | yedA → | drug/metabolite exporter YedA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NZ_CP025268 | 2,033,763 | 1 | . | C | 95.7% | 964.7 / 33.4 | 302 | pseudogene (185/920 nt) | yedA | drug/metabolite exporter YedA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/6); new base C (139/148); total (147/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
TGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑CCC‑CCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCC > NZ_CP025268/2033625‑2033897 | tGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑c < 1:2181162/140‑1 (MQ=255) gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCGGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGATATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cc > 2:3356618/1‑140 (MQ=255) gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cc > 2:2215779/1‑140 (MQ=255) gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cc > 2:294151/1‑140 (MQ=255) 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2:4632120/140‑2 (MQ=255) aaaC‑T‑CCCTCAGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTCGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACTTCAAAATGTTCCTTCCGGCACCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGcc < 2:4094383/140‑1 (MQ=255) | TGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑CCC‑CCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCC > NZ_CP025268/2033625‑2033897 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |