| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,218,374 | (C)5→6 | pseudogene (306/1685 nt) | btsS ← | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,218,369 | 1 | . | C | 94.2% | 913.5 / 46.4 | 294 | pseudogene (311/1685 nt) | btsS | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (10/7); new base C (152/124); total (162/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
CAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑C‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NZ_CP025268/2218230‑2218503 | gCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑c > 1:1945972/1‑140 (MQ=255) gCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCAGATCAGGATGCAGTGTACCAGGCCACCGAGTATTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑c < 2:1554032/140‑1 (MQ=255) gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑cc‑c < 2:4828889/140‑1 (MQ=255) gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑cc‑c < 1:1692151/140‑1 (MQ=255) aaCGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑cc‑cccat > 1:2186924/1‑137 (MQ=255) aaCGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑cc‑cccat > 2:5598734/1‑137 (MQ=255) aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCCGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAata < 2:2301947/140‑1 (MQ=255) cGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAatat < 1:1242634/140‑1 (MQ=255) cACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGa > 1:4977787/1‑140 (MQ=255) tAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAgccg < 1:1995907/140‑1 (MQ=255) ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑CTCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:1030477/140‑1 (MQ=255) gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 1:887204/1‑140 (MQ=255) gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 2:4364645/1‑140 (MQ=255) ttAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAg > 1:117609/1‑140 (MQ=255) ttAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAg < 2:3887556/140‑1 (MQ=255) aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTCATCCTTCAACGATGAACGAGATCATGCAACTTAAAGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ACCGAATGTCCATGTAAGCCGCCGACCAGcc > 2:612512/1‑140 (MQ=255) aCTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 1:3064405/140‑1 (MQ=255) ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCaa > 2:3490212/1‑139 (MQ=255) ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAg > 2:4463359/1‑140 (MQ=255) tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACGAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 1:5117213/1‑140 (MQ=255) tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 2:65593/1‑140 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:4324254/1‑140 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:3380857/1‑140 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGGATCAGGAGGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTATAGATCATGCAACGTAACGCGGTGAT‑G‑C‑CC‑CCGAACGAATATCCGTGTAAGGCGCCGGTCGGCCCAACCAGCCCATcg > 2:836701/1‑140 (MQ=255) 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tGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCa < 1:2605549/140‑1 (MQ=255) tGCAACTTAACGCAGACATAC‑C‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAACCCGCGTGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGAAAGCCGCCCAAGACCGAGCCTATCGAAAGGGTATTGGCAATACAATCGTCa > 2:4052949/1‑140 (MQ=255) cTTACCGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATCGAATCGTCAAtgtg < 1:3014792/140‑1 (MQ=255) cTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAAtgtg > 1:2030595/1‑140 (MQ=255) cTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAAtgtg < 2:2292189/140‑1 (MQ=255) 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tCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAc > 1:4731139/1‑140 (MQ=255) | CAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑C‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NZ_CP025268/2218230‑2218503 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |