Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,773,671 | (C)5→6 | intergenic (+161/‑55) | yfjQ → / → yfjR | DUF932 domain‑containing protein/WYL domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,773,666 | 1 | . | C | 94.4% | 1202.3 / 61.8 | 395 | intergenic (+156/‑60) | yfjQ/yfjR | DUF932 domain‑containing protein/WYL domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (19/3); new base C (262/108); total (282/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 428 total aligned reads displayed.
CGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGT‑CCG‑C‑C‑C‑C‑CTCTTTAAAGTAATCACATCATTTTCAGTCAGTTAACTTTCCTGGAGAATCTCTCATGACACAGGCAGAACGCCGCCATGACCGGCTGGCTGTCAGGCTGTCACTGATAATCAGCCGTCTGGTTGCGGGT > NZ_CP025268/2773527‑2773800 | cGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGT‑CCg < 1:4114450/140‑1 (MQ=255) cGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGT‑CCg < 2:2824266/140‑1 (MQ=255) gttAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTGTCTGCGTTGTCCATACCCTGT‑CCG‑c‑c‑c‑c < 2:39845/140‑1 (MQ=255) ttAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTCTGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGT‑CCG‑c‑c‑c‑c‑c < 1:1655898/140‑1 (MQ=255) ttAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGT‑CCG‑c‑t‑c‑c‑c > 1:1278514/1‑140 (MQ=255) ttAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGT‑CCG‑c‑c‑c‑c‑c < 2:3383210/140‑1 (MQ=255) ttAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGT‑CCG‑c‑c‑c‑c‑c < 1:211888/140‑1 (MQ=255) cGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTATAACCCCCGTTACATCTGGCTGTTGCAGAAATAAAAAAAAGTTGCTGCGGTGTCCATACCCTGT‑CCGCC‑C‑C‑C‑CTCTTTa > 1:2916698/1‑140 (MQ=37) cGGACACCACCTGTCCGCATCAATATGTGCTCGTGTGCCACAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCAGCGTTAAAGCTGATTTTTGCACAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTGGTCCATACCGTGT‑CCG‑c‑t‑c‑c‑ccgctgta > 2:3546121/1‑133 (MQ=255) acacCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGT‑CCGCC‑C‑C‑C‑CTCTTTaaaa > 1:615371/1‑139 (MQ=255) acacCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGT‑CCGCC‑C‑C‑C‑CTCCTTAAAg > 2:5467253/1‑140 (MQ=255) acacCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCGTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTTCGTTGTCCAGACCCTGT‑CCG‑C‑C‑CGC‑CTCTTTAAAg > 1:2461602/1‑140 (MQ=38) acacCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCCCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAATCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAGGTAGTTTTTGCGTTGTCCATACACTGT‑CCG‑C‑CGC‑C‑CTCTATAAAg > 2:1591289/1‑140 (MQ=37) ccTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTTT‑CCGCC‑C‑C‑C‑CTCTTTAAAGTAAtga > 2:5370391/1‑138 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |