Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,449,793 | +T | pseudogene (3757/3779 nt) | tamB → | autotransporter assembly complex protein TamB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,449,791 | 1 | . | T | 98.1% | 1579.6 / 15.6 | 434 | pseudogene (3755/3779 nt) | tamB | autotransporter assembly complex protein TamB |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 459 total aligned reads displayed.
GTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGA‑TT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTA > NZ_CP025268/4449652‑4449924 | gTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGa > 2:607700/1‑140 (MQ=255) gTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGa > 1:3793875/1‑140 (MQ=255) gTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGGGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGa > 2:1761358/1‑140 (MQ=255) tCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGA‑t < 1:3986010/140‑1 (MQ=255) aGCGGCTATGTATTGCCAGGGCTGCAAGGGAAATACGGCGTGGGGATAGTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCGATATCGGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGA‑tct > 2:4680075/1‑138 (MQ=255) gCGGCTATGTATTGCCAGGTATGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTCTATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGACGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGA‑tttg < 2:4263610/140‑3 (MQ=255) cGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGA‑tttgc > 1:4494595/1‑137 (MQ=255) ttATGTATTGCAATGTGTGCAACTGAAATATGGCGTGGGTATATTTGCCTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTTATGCCTAAGCTATATCTGGACGCCGTGTCTGGTGTAGAACAGGCACTGGATTT‑Gctct < 2:3104706/139‑1 (MQ=255) aTGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTAt < 1:2281286/140‑1 (MQ=255) aTGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTCGGTATATTTGACTCTATAGCAACACGCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTAt < 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tgtCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTa < 1:5054264/140‑1 (MQ=255) gtCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTAt < 1:3378987/140‑1 (MQ=255) gtgtAGACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATa < 2:1824144/140‑1 (MQ=255) gtgtAGACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATa < 1:2465970/140‑1 (MQ=255) tgtAGACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATaa > 1:4192362/1‑140 (MQ=255) tAGACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACt < 2:4379712/140‑1 (MQ=255) tAGACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACt < 1:1706030/140‑1 (MQ=255) tAGACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACt < 2:5328475/140‑1 (MQ=255) tAGACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACt > 1:4303383/1‑140 (MQ=255) gACCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAc > 2:3957977/1‑140 (MQ=255) aCCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAcc > 2:3747983/1‑140 (MQ=255) aCCAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAcc > 1:2154519/1‑140 (MQ=255) ccAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACACACATGGAAACAGTCACTGGCTGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCa < 1:3095578/140‑1 (MQ=255) ccAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCa < 1:554342/140‑1 (MQ=255) ccAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCa < 1:3459019/140‑1 (MQ=255) cAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCTACAAACAAGCCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCac < 2:5147186/140‑2 (MQ=255) cAGGCACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAg < 1:857559/140‑1 (MQ=255) cACTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGt < 2:1252016/140‑1 (MQ=255) aCTGGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGta < 1:2197324/140‑1 (MQ=255) | GTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGA‑TT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTA > NZ_CP025268/4449652‑4449924 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |