| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 66,448 | C→T | G35E (GGG→GAG) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 66,448 | 0 | C | T | 99.2% | 1370.2 / NA | 375 | G35E (GGG→GAG) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (153/216); total (156/219) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
TGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCCCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCT > NZ_CP025268/66313‑66582 | tGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTcgcg < 1:2373714/140‑1 (MQ=255) tGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCaa < 2:3429597/140‑1 (MQ=255) tGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCaa < 1:1637842/140‑1 (MQ=255) gttcgaggagGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTAAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGgcgc < 2:473808/136‑1 (MQ=255) gtCGGCGGGGGGCTTTTTCGTCCCTTCAACCCCTTCACCGGTTTCCATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTTATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGgcgc < 2:4212276/140‑1 (MQ=38) gtCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGgcgc < 1:1891856/140‑1 (MQ=255) gtCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGgcgc < 2:2346528/140‑1 (MQ=255) ggaggaGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCATCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGa > 1:1942264/1‑140 (MQ=255) aggaggGCTTTTTCGTACCTTCACCCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACg < 2:225021/140‑1 (MQ=255) ggcgggCTTTTTCGTACCTTCAAACACTTCACCGGCTTCGATGCTAACCACGCCCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTCGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGATTACGt < 2:116044/137‑1 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tCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCac > 2:1323022/1‑139 (MQ=255) tCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAg > 1:2828037/1‑140 (MQ=255) tCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAg > 2:4116200/1‑140 (MQ=255) aTGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAgcgc > 1:4459228/1‑140 (MQ=255) tAACCACGTCCCTATCGTCAGCCGTCATGAACCTTTACTCGACGTCGGAACGTTTGATCACAAAGCCGCCGCGCTCTCGATCCACTGCGCTTACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGTAGCGCCAgg < 2:466591/140‑1 (MQ=255) tAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAgg < 1:5028889/140‑1 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2:2827468/1‑140 (MQ=255) aaTCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAAc < 1:2523702/140‑1 (MQ=255) tCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACAt < 1:3813645/140‑1 (MQ=255) cGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTg > 1:2622188/1‑140 (MQ=255) gCCGGAAGGTTTGATCACAAAGGCGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGa > 2:5401176/1‑140 (MQ=255) gCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTCGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGa > 2:4927213/1‑140 (MQ=255) tttGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGt < 2:5182478/140‑1 (MQ=255) tGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGc > 1:4055755/1‑140 (MQ=255) tCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCgg < 1:5602340/140‑1 (MQ=255) cacaAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGa < 2:3059621/140‑1 (MQ=255) acacAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGAt < 1:4530134/140‑1 (MQ=255) aaaGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATgc > 1:3477609/1‑140 (MQ=255) aaGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATgcg > 1:1019554/1‑140 (MQ=255) aGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATgcgc < 2:3186796/140‑1 (MQ=255) cgccgcGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCttt > 2:4011219/1‑140 (MQ=255) cgccgcGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCttt > 2:1431501/1‑140 (MQ=255) | TGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCCCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCT > NZ_CP025268/66313‑66582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |