| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 581,201 | T→C | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 ← | class I SAM‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 581,201 | 0 | T | C | 99.8% | 1327.6 / NA | 395 | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 | class I SAM‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (196/198); minor base A (1/0); total (197/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
CGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑T‑G‑ATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTG > NZ_CP025268/581073‑581336 | ttGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAg < 2:5600609/140‑1 (MQ=255) tGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGc > 1:2006078/1‑140 (MQ=255) gCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCg < 1:914451/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:3550023/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:4755719/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:725984/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGCACTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:4647467/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACACTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCAGCAGCATGTCTTAAGAAAGAATATGTTGT‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 2:4484514/140‑1 (MQ=255) aaCCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaaa > 1:2399337/1‑140 (MQ=255) ccGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAAc > 2:3913272/1‑140 (MQ=255) gtgtTGATACTTCCACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTTAAGCGGAAAACAt < 2:3602854/140‑1 (MQ=255) gtgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAt > 2:2987502/1‑140 (MQ=255) gtgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAt < 2:2777244/140‑1 (MQ=255) gtgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAt < 2:5367043/140‑1 (MQ=255) gtgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAt < 1:1403118/140‑1 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAtt > 1:1646455/1‑140 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAtt > 2:1281171/1‑140 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAtt > 1:606112/1‑140 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAtt > 1:1332428/1‑140 (MQ=255) gtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATta > 2:1814600/1‑140 (MQ=255) gtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATta < 1:3961436/140‑1 (MQ=255) gtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATta < 1:1066797/140‑1 (MQ=255) ttGATACATCCACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATGATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATtac > 1:183359/1‑140 (MQ=255) ttGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATtac > 2:2208714/1‑140 (MQ=255) ttGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGGCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATtac > 2:1078980/1‑140 (MQ=255) gATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATtacta < 1:5031470/140‑1 (MQ=255) tccATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAACAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACa < 2:4242232/138‑1 (MQ=255) tACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAGCCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACa < 2:866132/140‑1 (MQ=255) tACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACa < 2:2027544/140‑1 (MQ=255) tACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACa < 2:2507623/140‑1 (MQ=255) tACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACa < 1:1959512/140‑1 (MQ=255) tACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACa < 1:4987082/140‑1 (MQ=255) tACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACa < 2:4546806/140‑1 (MQ=255) aCATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAg > 1:2965369/1‑140 (MQ=255) tCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa > 1:2713573/1‑124 (MQ=255) tCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 2:2713573/124‑1 (MQ=255) tCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTAc > 2:5003660/1‑140 (MQ=255) aaCTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa > 2:3234993/1‑122 (MQ=255) aaCTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCt > 1:5584286/1‑140 (MQ=255) aaCGGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:3234993/122‑1 (MQ=255) cTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTg > 2:4783810/1‑140 (MQ=255) cTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTg < 1:2484196/140‑1 (MQ=255) cACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTAcc < 1:387153/134‑1 (MQ=255) ccatatatTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCTGGGAGAAATCATGGGGATTATTCCGCAGCGCGTCTGAAGCAAGAGCATGCTGC‑TGT‑TCG‑ATGCTATTTTTTTCCTGCAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCt < 2:3828718/136‑1 (MQ=255) cTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGGCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTTAGCAAGAACATGCTGC‑GGTGG‑G‑GTGCTAGGTTTTTCCTTAAGCTGAGAACATGACGACAGTACCCTGatgctt > 2:2164963/1‑135 (MQ=255) gATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTgg > 2:191233/1‑140 (MQ=255) atatTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGt > 2:4303606/1‑140 (MQ=255) aGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAAc > 1:1722649/1‑140 (MQ=255) gTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACa > 2:5126162/1‑140 (MQ=255) gTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACa < 2:1332806/140‑1 (MQ=255) gTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTGTTAACa > 1:1441329/1‑140 (MQ=255) ggCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACAtt > 1:3444918/1‑140 (MQ=255) tACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCTAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCg > 2:4633264/1‑140 (MQ=255) cGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGaa < 2:1709658/140‑1 (MQ=255) cGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCGGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTTGaa > 1:320877/1‑140 (MQ=255) gAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGCAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGaaa < 2:4404910/140‑1 (MQ=255) ccTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGct < 1:2884237/140‑1 (MQ=255) ccTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGct > 1:4262198/1‑140 (MQ=255) cTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGctc > 1:5121206/1‑140 (MQ=255) cTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGctc > 1:4551882/1‑140 (MQ=255) tGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGctct > 1:5374318/1‑140 (MQ=255) tGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGctct < 1:5064843/140‑1 (MQ=255) gTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTg > 2:2304275/1‑140 (MQ=255) tCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTga < 1:3319755/140‑1 (MQ=255) tCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTga < 1:3651236/140‑1 (MQ=255) tCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTga < 1:3807823/140‑1 (MQ=255) tCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTga < 1:4165963/140‑1 (MQ=255) tCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTga > 1:457303/1‑140 (MQ=255) cAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTgag < 2:2419271/140‑1 (MQ=255) aGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGtat < 2:4164060/140‑1 (MQ=255) gTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGtata < 1:2372421/140‑1 (MQ=255) gTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGtata < 2:3671327/140‑1 (MQ=255) tAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTATTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTatat > 1:4094523/1‑140 (MQ=255) ttGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGGT‑G‑G‑ATGCTAGTTTGTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATTCTCTTAGAGTATATGTGTTa > 2:2902248/1‑140 (MQ=255) ttGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTga < 2:14052/126‑1 (MQ=255) tGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTaa > 1:1009163/1‑140 (MQ=255) gggATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAg > 2:1434986/1‑140 (MQ=255) gatgatGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGcc < 1:2288162/140‑1 (MQ=255) gATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGcc < 2:3369114/140‑1 (MQ=255) gATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGcc < 1:153973/140‑1 (MQ=255) gATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGcc < 1:4118616/140‑1 (MQ=255) aTGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCcttct > 1:5206684/1‑140 (MQ=255) aTGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCcttct > 1:849212/1‑140 (MQ=255) tGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCcttctt > 1:5085659/1‑140 (MQ=255) tGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCcttctt > 1:779571/1‑140 (MQ=255) gCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCttcttc < 2:5263050/140‑1 (MQ=255) cGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCgg < 2:3286709/140‑1 (MQ=255) agcaCGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAAt > 2:3460953/1‑140 (MQ=255) cGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGGCTTCTTCGGAATCtgt > 1:3118270/1‑138 (MQ=255) gTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCtttt < 1:4875643/140‑1 (MQ=255) tAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTgtgt < 2:2103693/140‑1 (MQ=255) aGAACATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaa < 1:567073/140‑1 (MQ=255) aaCATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATATTTTGTGTTTGAAAAg > 1:4451527/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGC‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTGCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAg > 2:3108152/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGA‑GGT‑TGG‑AAGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATAACTGCAGTACATAGAACCGTGGTTTTAACATTCTCGAAATGATCTGAGAGTAAAAGTGTTAAGGCTTCTTCGAAATCTTTTGTGTTTggacaa > 2:1160644/1‑135 (MQ=255) tgctgc‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGc > 1:2640843/1‑140 (MQ=255) tgctgc‑GGT‑T‑GCATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGACCCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGc > 2:3983161/1‑140 (MQ=255) gctgc‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGcc > 1:2188501/1‑140 (MQ=255) tgc‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCtt > 2:678239/1‑140 (MQ=255) c‑GGT‑TGG‑ATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTc > 2:4038120/1‑140 (MQ=255) | CGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGT‑T‑G‑ATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTG > NZ_CP025268/581073‑581336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |