| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,128,613 | A→G | intergenic (‑24/+50) | dinI ← / ← pyrC | DNA damage‑inducible protein I/dihydroorotase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,128,613 | 0 | A | G | 99.3% | 471.0 / NA | 147 | intergenic (‑24/+50) | dinI/pyrC | DNA damage‑inducible protein I/dihydroorotase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (88/57); total (89/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTAGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTG > NZ_CP025268/1128477‑1128749 | ccTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGtt > 1:3955922/1‑140 (MQ=255)ccTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTGGAATATACTGGtt > 2:4023705/1‑140 (MQ=255) ttCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGCCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGttat > 1:5450347/1‑140 (MQ=255) tCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGttatt > 1:3454444/1‑140 (MQ=255) ttATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGttatttat < 1:5473253/140‑1 (MQ=255) ttATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGttatttat < 1:4102402/140‑1 (MQ=255) ttATAAGGAAACGCATACTGAATACGGCAGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGttatttat < 2:5128948/140‑1 (MQ=255) tATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTtata < 1:3498587/140‑1 (MQ=255) cAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGGTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACat > 2:4708640/1‑139 (MQ=255) gAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTa < 1:977225/140‑1 (MQ=255) aaaCGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTaa > 1:5043069/1‑140 (MQ=255) aaaCGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTaa > 1:398542/1‑140 (MQ=255) aaCGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTaaa > 2:2970026/1‑140 (MQ=255) cATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATaa > 2:4732946/1‑140 (MQ=255) cATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGGCAATAGCCGCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATGGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATaa > 2:5240243/1‑140 (MQ=255) tACTGAATACGTCGGGAAAGTTCTCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTTGATATTTATACAGGTAAAATAAcc > 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tACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGTCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGac > 1:4744187/1‑140 (MQ=255) tACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGac > 1:799827/1‑140 (MQ=255) tACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGac > 2:3793440/1‑140 (MQ=255) tACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGac > 2:3793517/1‑140 (MQ=255) tACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGac > 1:4215654/1‑140 (MQ=255) cggGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAg > 1:4104527/1‑140 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(MQ=255) cAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtc < 1:4903057/140‑1 (MQ=255) aaTTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtca > 1:776363/1‑140 (MQ=255) aaTTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtca > 2:2532363/1‑140 (MQ=255) ttCGCATAATAGCCCCCTGTTCAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATCCCCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtcatc < 2:2613934/140‑1 (MQ=255) ataataGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCAtcagtca > 1:3670281/1‑140 (MQ=255) ataGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTaa < 1:1801440/83‑1 (MQ=255) cccccTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGAt > 2:3027601/1‑140 (MQ=255) cccccTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGAt > 1:3892435/1‑140 (MQ=255) ccTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCt > 1:2161985/1‑140 (MQ=255) tGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTGCCCGGCGCGGACTGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCttt > 2:2407195/1‑140 (MQ=255) tGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCttt > 2:4354867/1‑140 (MQ=255) tGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCttt > 1:5084537/1‑140 (MQ=255) tGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCttt > 1:2426235/1‑140 (MQ=255) ttGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCa > 1:5294968/1‑140 (MQ=255) tGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAg < 1:789311/140‑1 (MQ=255) gAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGc < 2:3517969/140‑1 (MQ=255) gAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGc < 2:3517829/140‑1 (MQ=255) aaTATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCa > 1:4902382/1‑140 (MQ=255) ataCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAAcc < 1:4367971/140‑1 (MQ=255) aCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGCGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTg > 2:1379084/1‑140 (MQ=255) aCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTg > 2:3338796/1‑140 (MQ=255) aCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAAAAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTg < 2:5070939/140‑1 (MQ=255) | CCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTAGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTG > NZ_CP025268/1128477‑1128749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |