Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 115,492 | C→T | V22M (GTG→ATG) | hofC ← | protein transport protein HofC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 115,492 | 0 | C | T | 99.4% | 1160.1 / NA | 323 | V22M (GTG→ATG) | hofC | protein transport protein HofC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (175/143); total (176/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
AGTTGATGAATGACTTCCGCGCTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCACCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCGTTTT > NZ_CP025268/115356‑115627 | gatgaATGACTTCCGCGCTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCt > 1:2733092/1‑140 (MQ=255) tgaatgaCTTCCGCGCTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTg > 1:5592941/1‑140 (MQ=255) atgaCTTCCGCGCTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTgagg > 1:3311864/1‑137 (MQ=255) tCCGCGCTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGcc > 1:4358742/1‑140 (MQ=255) tCCGCGCTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGcc > 1:3826688/1‑140 (MQ=255) gcgcTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTc < 1:56598/140‑1 (MQ=255) cgcTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCg < 2:3401573/140‑1 (MQ=255) cgcTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCg < 1:2706739/140‑1 (MQ=255) gcTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGc < 1:3563598/140‑1 (MQ=255) ttATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGt < 2:4954247/140‑1 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cgcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGcc > 2:5328357/1‑140 (MQ=255) cgcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGcc > 1:994601/1‑140 (MQ=255) cgcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGcc > 2:4038715/1‑140 (MQ=255) gcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCa < 2:658419/140‑1 (MQ=255) gAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCagag < 1:5400766/140‑1 (MQ=255) aaTTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCTATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGt > 1:4823647/1‑140 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(MQ=255) cGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACgg > 1:964564/1‑140 (MQ=255) ggCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGc > 1:4748882/1‑140 (MQ=255) ctctctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTCCTCGCCATGCGGCCTCCCCCGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCa > 1:5357666/1‑140 (MQ=255) ctctctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCa > 1:1318896/1‑140 (MQ=255) ctctctGCCCATAGCAGCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCa > 2:4752744/1‑140 (MQ=255) ctctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAgg > 2:3718076/1‑140 (MQ=255) ctctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAgg < 1:4421058/140‑1 (MQ=255) ctctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAgg < 1:2981667/140‑1 (MQ=255) ctctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCAGTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTTCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAgg > 1:80270/1‑140 (MQ=255) tctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATCCCACCGCCAGCGATGCTTACTCGCCATGCGGCCTCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGc > 2:308697/1‑140 (MQ=255) tGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAg > 2:3647434/1‑140 (MQ=255) tGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAg > 1:2254527/1‑140 (MQ=255) tGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAg > 2:829931/1‑140 (MQ=255) ccATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCg < 2:2895137/140‑1 (MQ=255) ccATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCg > 1:5197171/1‑140 (MQ=255) aGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCGtttt > 1:4294226/1‑140 (MQ=255) | AGTTGATGAATGACTTCCGCGCTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCACCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCGTTTT > NZ_CP025268/115356‑115627 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |