Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,626,362 | A→G | N71D (AAC→GAC) | ydeE → | efflux MFS transporter YdeE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,626,362 | 0 | A | G | 99.6% | 890.3 / NA | 275 | N71D (AAC→GAC) | ydeE | efflux MFS transporter YdeE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (138/136); minor base T (1/0); total (139/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCAACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGTTTTTGCTACCG > NZ_CP025268/1626229‑1626497 | gCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGa < 2:968214/140‑1 (MQ=255) gCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGa < 2:4298517/140‑1 (MQ=255) gCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGa < 1:2554412/140‑1 (MQ=255) gCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGa < 1:1570246/140‑1 (MQ=255) gCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGa < 1:1535292/140‑1 (MQ=255) gCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGa < 1:1315841/140‑1 (MQ=255) cTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGaa < 1:283211/140‑1 (MQ=255) tGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGaaa < 1:783912/140‑1 (MQ=255) ccATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACg > 2:1260342/1‑140 (MQ=255) ccATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACg < 2:1190590/140‑1 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ccATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTa > 1:213667/1‑140 (MQ=255) tttACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGTCGTCTTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTg > 2:4943020/1‑140 (MQ=255) tttACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTg > 2:4733113/1‑140 (MQ=255) tttACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTg > 2:3791182/1‑140 (MQ=255) tGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTCTATGTTACTGGCGAtt > 2:852224/1‑140 (MQ=255) gAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTa < 2:4238640/140‑1 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tCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACt < 1:4466094/140‑1 (MQ=255) tCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACt < 1:1944890/140‑1 (MQ=255) tCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACt < 2:293482/140‑1 (MQ=255) gTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTa < 1:1453979/140‑1 (MQ=255) gTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTa < 1:2640735/140‑1 (MQ=255) tATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGt > 2:1511780/1‑140 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(MQ=255) gtTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGc > 1:4746530/1‑140 (MQ=255) tCGGTTTTGGTATCCTGGCCGATAAGTTCGCCAAGAAACGCTTTATGTTACTGGCAATTCCCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAAc < 2:5537984/140‑1 (MQ=255) cGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACt > 2:2083965/1‑140 (MQ=255) cGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACt > 1:1278266/1‑140 (MQ=255) ggTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTg > 1:3982468/1‑140 (MQ=255) ggTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTg > 1:543832/1‑140 (MQ=255) tttGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTgcgc < 2:563032/140‑1 (MQ=255) ttGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGGAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCTGTTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGcc < 2:3915723/140‑1 (MQ=255) tataCTGGCGGATAACTGCGACAATAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCAAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGTCTCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTAtt < 2:1071571/140‑1 (MQ=255) tATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTAtt < 1:1033885/140‑1 (MQ=255) ttcTGGCAGTTAAGTTCGACAAGATACGCTATCTGTTACTCGCAATTCCCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCACTCATTAACTGCGCCTATTCt < 2:2289441/138‑1 (MQ=255) tCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCt > 1:4084097/1‑140 (MQ=255) cTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGt > 1:681157/1‑140 (MQ=255) gCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGtttt < 1:5498809/140‑1 (MQ=255) gATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGTTTTTGc > 1:5167899/1‑140 (MQ=255) | GCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCAACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGTTTTTGCTACCG > NZ_CP025268/1626229‑1626497 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |