| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,669,938 | A→G | *205* (TAA→TAG) | dmsD → | Tat proofreading chaperone DmsD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,669,938 | 0 | A | G | 99.7% | 1126.2 / NA | 343 | *205* (TAA→TAG) | dmsD | Tat proofreading chaperone DmsD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (176/166); total (176/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
CACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAAGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCG > NZ_CP025268/1669802‑1670073 | cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:712338/140‑1 (MQ=255)cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:3477018/140‑1 (MQ=255)cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:2970812/140‑1 (MQ=255)cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 2:4764975/140‑1 (MQ=255)cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:1551525/140‑1 (MQ=255)cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 2:4175255/140‑1 (MQ=255)cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 2:314286/140‑1 (MQ=255)cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAAGCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 2:5409606/140‑1 (MQ=255)caagTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 2:3071948/137‑1 (MQ=255) gTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc < 1:5322648/140‑1 (MQ=255) ttttCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAcc < 1:4563146/140‑1 (MQ=255) tttCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg < 2:4579987/140‑1 (MQ=255) tttCTTGAGGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCGCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAAGCGCAACTGTTAATTCGTGGCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAGCACCg < 2:1110618/140‑1 (MQ=255) ttCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGt > 1:805658/1‑140 (MQ=255) ttCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGCTTCGATAGGCTCACCGt > 2:2592031/1‑140 (MQ=255) tGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTg > 1:3761315/1‑140 (MQ=255) tttttATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGcc < 2:391685/140‑1 (MQ=255) tttATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAAGCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCgg > 2:730531/1‑140 (MQ=255) tttATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCgg > 1:1384312/1‑140 (MQ=255) tttATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACAGTGCACGGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGTCGCAATGGCAATCACAACTGTTCATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGCGTCACCGTAATATTGCCgg > 2:1332162/1‑140 (MQ=255) cGAAAAAGCAGAACACCTTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt < 2:1225243/140‑1 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aCCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaa < 1:1078319/140‑1 (MQ=255) cGTGCACTGGGTTAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaata < 2:2803700/140‑1 (MQ=255) cGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGTTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaata < 2:1203939/140‑1 (MQ=255) cGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaata < 1:2880583/140‑1 (MQ=255) cGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaata < 2:3622467/140‑1 (MQ=255) cGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATGGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaata < 1:1945564/140‑1 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tGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGtt > 1:483538/1‑140 (MQ=255) tGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAAGAATAGGtt > 2:2945365/1‑140 (MQ=255) gggTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTa < 1:2352367/140‑1 (MQ=255) gggTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTa < 1:5256639/140‑1 (MQ=255) gggTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAACACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTa < 2:781114/140‑1 (MQ=255) ggTGAACTGGCTGGCTTAACGCTGGCGCCATGGCAATCACAACTGTTCATTCGTGTCGCGGTGAAACCACTGTTTCGGTCGGATCATCGTAATATTGCCGGATGGGGGCGATTACGCGCAATCCGGGAATAAAAGGTTAc > 2:1083280/1‑140 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1:1611739/1‑140 (MQ=255) gcgcAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAGCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTTACGTTTTTTTATCTCTTa > 1:543755/1‑140 (MQ=255) cgcAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTaa < 1:20717/140‑1 (MQ=255) cAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAg < 1:446008/140‑1 (MQ=255) aaTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAgcacgcac < 2:1642461/140‑1 (MQ=255) aaTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGACGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATATCTTAAAgcacgcac > 2:3492684/1‑140 (MQ=255) aTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACt > 1:3610886/1‑140 (MQ=255) gTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCg > 1:1840587/1‑140 (MQ=255) tAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGc > 1:3141657/1‑140 (MQ=255) aaTTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCt > 2:4948067/1‑140 (MQ=255) tCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAAGAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGc > 2:2636541/1‑140 (MQ=255) cTGTCGCGGTTAAACCGCTGTGTCGATAGGATTACCGTAATATTGCCGGATGGAGACGATTAGGCGCAATCCGGCAATAATAGGGTACAGTGTCACGATTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTAGTTTTGCGGCAGGGct > 2:481236/1‑140 (MQ=255) tGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCctc > 2:4356837/1‑140 (MQ=255) tGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGAGGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAAGAGGTTACAGTGTCACGTTTGGTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCctg > 2:199268/1‑139 (MQ=255) gTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGcc > 1:1692793/1‑140 (MQ=255) gCTGGTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATCGTGACGATCACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCCCGCACTGCTGTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATa < 2:620268/140‑1 (MQ=255) tGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGt < 1:4020581/140‑1 (MQ=255) tGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAACACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGt < 2:5114763/140‑1 (MQ=255) tGTTTCGATAGGATCACCGTAATATCGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGt < 1:5088261/140‑1 (MQ=255) ttCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCGATACGGAAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTGTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGc < 2:947605/140‑1 (MQ=255) ttCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGc < 2:4489944/140‑1 (MQ=255) cGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGccc < 1:2644101/140‑1 (MQ=255) gATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCg > 2:2095624/1‑140 (MQ=255) | CACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAAGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCG > NZ_CP025268/1669802‑1670073 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |