| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,984,228 | T→C | *475* (TAA→TAG) | otsA ← | alpha,alpha‑trehalose‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,984,228 | 0 | T | C | 99.7% | 1001.7 / NA | 298 | *475* (TAA→TAG) | otsA | alpha,alpha‑trehalose‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (150/147); minor base A (0/1); total (150/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
AGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCTTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATT > NZ_CP025268/1984091‑1984363 | gCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTAc > 2:922826/1‑140 (MQ=255) gCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTAc > 1:2382145/1‑140 (MQ=255) gCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTAc > 1:656743/1‑140 (MQ=255) atcatTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGc > 1:5237252/1‑140 (MQ=255) atcatTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGc < 2:1134391/140‑1 (MQ=255) tcatTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCa < 2:5256182/140‑1 (MQ=255) tcatTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCa > 1:1924929/1‑140 (MQ=255) atTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCTACTTACGGGAGAGTAACCGCTCCTACGCAAg > 2:855093/1‑140 (MQ=255) atTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAg > 1:5253559/1‑140 (MQ=255) aTTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTgg > 1:1240475/1‑140 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tCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTTCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGGTTAACCGCTCCTACGCACGCTTTGGAAAGGTAGCAACTGTATCGCGCTGCTGGCTTTc > 2:3858767/1‑140 (MQ=255) ttttCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCcg < 2:5558608/140‑1 (MQ=255) ttttCGCGAGCATACTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCcg < 2:4735024/140‑1 (MQ=255) ttCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCcgcg < 1:102749/140‑1 (MQ=255) ttCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCcgcg < 2:5237252/140‑1 (MQ=255) ttCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCcgcg < 1:2428575/140‑1 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1:1430436/140‑1 (MQ=255) tGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTa < 2:292238/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCTGAACTAt < 1:708992/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt < 2:4289899/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt < 2:2144163/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt < 2:4454154/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt < 2:5061219/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt < 2:5500716/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt < 2:2101175/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt < 1:3627850/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt < 1:542621/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATATGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt < 1:1579759/140‑1 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aTGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTg < 2:1033327/140‑1 (MQ=255) tgtgCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTgg > 2:5101169/1‑140 (MQ=255) tgtgCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTgg > 1:4455251/1‑140 (MQ=255) tgtgCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTgg > 2:2451427/1‑140 (MQ=255) gtgCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGt < 2:2382145/140‑1 (MQ=255) gTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGGGGTTAata > 2:596053/1‑140 (MQ=255) gTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGt > 1:3519902/1‑140 (MQ=255) tCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGttt > 1:787339/1‑140 (MQ=255) ccACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGtttt < 2:3913644/140‑1 (MQ=255) cACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGttttt > 2:1680337/1‑140 (MQ=255) gcTTCCGGGAGGTTAACCACTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTGGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTAGTCAATATCGTTtctc > 2:2264526/2‑140 (MQ=255) aCTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTc > 2:1342195/1‑140 (MQ=255) cTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCa < 2:5229911/140‑1 (MQ=255) ttACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCAc > 1:1905500/1‑140 (MQ=255) ttACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCGAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTctc > 1:44018/1‑138 (MQ=255) aCGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGa > 1:3414044/1‑140 (MQ=255) cGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGAt < 1:4141800/140‑1 (MQ=255) gggAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATa < 1:832862/140‑1 (MQ=255) ggacaaTTAACCGCTAACACGAACGAATTGGAAAGGAAGACACTTTATCGACCAGCTCGCTACCCGCCCTTCGCGCACCTATCCGCTTTAGGTCGATAATAAAGCACTCCTGCCAGTAGTTAATATCGTTTTTCACGATa < 2:3315523/135‑1 (MQ=255) agaTTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACg < 2:4199718/140‑1 (MQ=255) aTTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTc > 2:1178168/1‑140 (MQ=255) aTTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTc > 1:4978634/1‑140 (MQ=255) aTTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTc > 2:3696770/1‑140 (MQ=255) aTTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTc > 1:50690/1‑140 (MQ=255) aTTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTc > 1:2923292/1‑140 (MQ=255) ccGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCa > 2:4974436/1‑140 (MQ=255) gCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCAtt > 1:1994215/1‑140 (MQ=255) gCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCAtt > 1:2693075/1‑140 (MQ=255) | AGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCTTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATT > NZ_CP025268/1984091‑1984363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |