Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,173,732 | T→C | pseudogene (477/477 nt) | CXP41_RS11545 ← | DeoR/GlpR family DNA‑binding transcription regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,173,732 | 0 | T | C | 99.6% | 801.3 / NA | 240 | pseudogene (477/477 nt) | CXP41_RS11545 | DeoR/GlpR family DNA‑binding transcription regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (138/100); total (139/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATATTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAT > NZ_CP025268/2173597‑2173867 | cTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTaca < 1:5197777/140‑1 (MQ=255) cTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTaca < 1:2678145/140‑1 (MQ=255) ttCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTacac < 2:4763280/140‑1 (MQ=255) tCCGGCAGCAGTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGGGATAATCAAACTATTCTCTTGTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCGGGATGCGGTGTAAACACGTGATCCGGCACACAGAACAATACTACAcc > 2:3975377/1‑140 (MQ=255) 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2:4970195/1‑140 (MQ=255) aTCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTGCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTTACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGTTAGTACCTGATTAAAACcgcg > 2:800294/1‑140 (MQ=255) tCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGa < 1:4834449/140‑1 (MQ=255) gCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCAGCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGt > 1:4434447/1‑140 (MQ=255) gCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGt < 2:5225767/140‑1 (MQ=255) gCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGt > 2:1553542/1‑140 (MQ=255) cATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGtt > 1:145728/1‑140 (MQ=255) aTACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTa > 2:4146996/1‑140 (MQ=255) aaCAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTc > 1:4199092/1‑140 (MQ=255) aaTACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAt < 1:1755187/140‑1 (MQ=255) aaTACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAt < 1:1347015/140‑1 (MQ=255) | CTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATATTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAT > NZ_CP025268/2173597‑2173867 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |