| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,689,934 | A→G | T26A (ACC→GCC) | hmpA → | NO‑inducible flavohemoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,689,934 | 0 | A | G | 99.2% | 880.5 / ‑4.9 | 270 | T26A (ACC→GCC) | hmpA | NO‑inducible flavohemoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (148/118); total (150/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
AGGGCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGATGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCACCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACC > NZ_CP025268/2689795‑2690069 | acggCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGATGCCAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAACGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAacca > 2:4151111/3‑140 (MQ=255) gCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGCTGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGccc < 2:115069/140‑1 (MQ=255) gCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGATGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGccc < 1:3475222/140‑1 (MQ=255) gCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGATGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGccc < 1:2583781/140‑1 (MQ=255) 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ttAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGaaaa < 1:4572179/140‑1 (MQ=255) ttAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGaaaa < 2:1286832/140‑1 (MQ=255) aaCCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAAcc > 1:2551877/1‑140 (MQ=255) | AGGGCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGATGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCACCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACC > NZ_CP025268/2689795‑2690069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |