Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 255,488 | G→A | R20C (CGT→TGT) | pepD ← | cytosol nonspecific dipeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 255,488 | 0 | G | A | 99.5% | 1502.2 / NA | 404 | R20C (CGT→TGT) | pepD | cytosol nonspecific dipeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (226/176); minor base C (0/2); total (226/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
TCCATACCTGCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACGGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGAC > NZ_CP025268/255349‑255623 | tACCTGCGGTAGCACGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACACTGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGAtt < 2:1617553/140‑1 (MQ=255) aCCTGCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGAttt > 2:5575860/1‑140 (MQ=255) cGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCa > 1:1275923/1‑140 (MQ=255) cGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCa > 2:2257201/1‑140 (MQ=255) cGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCa > 1:2286738/1‑140 (MQ=255) cGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCa > 2:3655121/1‑140 (MQ=255) cGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCa > 1:4239350/1‑140 (MQ=255) aGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAatat < 1:5589215/140‑1 (MQ=255) ggTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATc > 1:2231253/1‑140 (MQ=255) ttACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCCCCTCATGATAGGACGGGCGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCca > 1:1645069/1‑140 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(MQ=255) tAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGaaa < 1:4500510/140‑1 (MQ=255) tAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGaaa < 1:4617415/140‑1 (MQ=255) aGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGaaaa > 2:4340019/1‑140 (MQ=255) gACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGCTAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtg > 1:1741824/1‑140 (MQ=255) gACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtg > 2:2953100/1‑140 (MQ=255) cGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgtt > 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(MQ=255) gAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTATGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTATCAACACAAGAc > 2:2361542/1‑140 (MQ=255) gAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGAc > 1:2713036/1‑140 (MQ=255) gAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGAc < 1:548033/140‑1 (MQ=255) gAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGAc > 2:1965641/1‑140 (MQ=255) gAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGAc > 2:2043608/1‑140 (MQ=255) | TCCATACCTGCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACGGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGAC > NZ_CP025268/255349‑255623 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |