Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_CP025268 | 2,710,506 | T→C | S215G (AGC→GGC) | lepA ← | translation elongation factor 4 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,710,506 | 0 | T | C | 99.7% | 1159.8 / NA | 347 | S215G (AGC→GGC) | lepA | translation elongation factor 4 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (195/151); minor base G (1/0); total (196/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
CATACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCTGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCTGC > NZ_CP025268/2710370‑2710642 | caTACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGtt > 1:3019149/1‑140 (MQ=255) caTACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGtt > 2:1409985/1‑140 (MQ=255) tACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGtttt < 2:2503441/140‑1 (MQ=255) agccagccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAAt < 1:1427403/140‑1 (MQ=255) gccagccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATa > 2:1066201/1‑140 (MQ=255) gccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGa > 2:1809772/1‑140 (MQ=255) ttCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTg > 1:1170839/1‑140 (MQ=255) gCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTGTTAAGACGGATAAGTTaaa > 2:43554/1‑140 (MQ=255) ccACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAaac > 1:3397181/1‑140 (MQ=255) ccACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAaac > 2:3246243/1‑140 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1:2735107/1‑140 (MQ=255) aCCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCa < 1:415101/140‑1 (MQ=255) cgtGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCAt < 2:3969967/138‑1 (MQ=255) ccTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCAt < 2:5249325/140‑1 (MQ=255) ccTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCAt < 1:3601756/140‑1 (MQ=255) ccTGTTTCGGCGTAAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCAt < 1:4922633/140‑1 (MQ=255) gTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAg < 2:5575808/140‑1 (MQ=255) gTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAg < 1:2525417/140‑1 (MQ=255) gTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAg < 1:4829339/140‑1 (MQ=255) cGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTGTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGa < 2:646204/140‑1 (MQ=255) gTGAAGATGCCCAGACGGGCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACGTTGTCGCCCTTACGCGGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAAt > 2:4595709/1‑140 (MQ=255) tGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAg > 2:738359/1‑116 (MQ=255) aTGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGGAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGc < 2:2984434/140‑1 (MQ=255) tGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGcc < 2:3380216/140‑1 (MQ=255) cGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACgg > 1:4542481/1‑140 (MQ=255) ggTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACggg < 1:2459316/140‑1 (MQ=255) tCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGGGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTTGATAATTAGTGCCTGCAACGGGcc > 2:452882/1‑140 (MQ=255) cGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCt < 2:1897254/140‑1 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2:4721649/140‑1 (MQ=255) aCGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGaa > 2:3848543/1‑140 (MQ=255) cGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAAc < 2:4800115/140‑1 (MQ=255) gCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACg > 1:3819900/1‑140 (MQ=255) gCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACg < 1:5257537/140‑1 (MQ=255) aGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTc < 1:1307538/140‑1 (MQ=255) aGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTc < 2:5194/140‑1 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 1:5544616/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 2:4302069/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 1:1472790/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 2:2101314/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 1:4048758/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGACCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACTAGACGCTCGAGAACGTCCt > 2:2220423/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGACTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 2:3750568/1‑140 (MQ=255) gTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGAGCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGGCCTg < 2:5446404/140‑1 (MQ=255) gTGCCGTTTTTAATACCGATCAGTGAACCAACTCCCAAGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCATGCAACGGGACTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAAGGTCGCGAACCAGACGTTCGAGAACGTCCTg < 2:3443209/140‑1 (MQ=255) | CATACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCTGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCTGC > NZ_CP025268/2710370‑2710642 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |