| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,846,593 | T→C | *157* (TAA→TAG) | hycI ← | hydrogenase maturation peptidase HycI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,846,593 | 0 | T | C | 99.7% | 1029.2 / NA | 307 | *157* (TAA→TAG) | hycI | hydrogenase maturation peptidase HycI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (188/118); minor base A (1/0); total (189/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
GAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAATTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCGGCTGA > NZ_CP025268/2846457‑2846725 | gAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTAc < 2:4505874/140‑1 (MQ=255)gAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGCCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTAc < 2:578103/140‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTcttctt < 1:522581/140‑1 (MQ=255) ttACCCGGCCTACCTGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTcttctt < 2:2903273/140‑1 (MQ=255) 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aTTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCCCGAAGCCGCCATCTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTCCTAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAAGCGGCGGGCTCATCGGGTCGTAAAACCCGCCGcta > 2:4162652/1‑140 (MQ=255) aTTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCGAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATCAACGGTTTCTCCCGCATCTTTATTAGGCTGGGTCCTCGGGTAGTAAAAGCCGTAGata > 2:3272762/1‑140 (MQ=255) tCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCCCCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATc < 2:2666583/140‑1 (MQ=255) tCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATc < 2:2446166/140‑1 (MQ=255) tCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATc > 1:4354973/1‑140 (MQ=255) tCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATc < 2:5407678/140‑1 (MQ=255) ttAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCgg > 1:4973018/1‑140 (MQ=255) ttAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCgg > 1:2156248/1‑140 (MQ=255) ttAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCgg > 2:1476412/1‑140 (MQ=255) aaTGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCGGCt > 1:910798/1‑140 (MQ=255) aaTGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCGGCt > 1:652941/1‑140 (MQ=255) | GAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAATTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCGGCTGA > NZ_CP025268/2846457‑2846725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |