| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,037,850 | C→T | A246T (GCG→ACG) | prfB ← | peptide chain release factor 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,037,850 | 0 | C | T | 99.4% | 1118.5 / NA | 309 | A246T (GCG→ACG) | prfB | peptide chain release factor 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (196/110); total (197/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
ATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGCGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACGGGCTTTTACGCACCAG > NZ_CP025268/3037714‑3037985 | aTCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATCCGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGAcgtgcg > 2:3287629/1‑140 (MQ=255)aTCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGAcgtgcg < 2:1984661/140‑1 (MQ=255) cTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGAt < 1:2226301/140‑1 (MQ=255) cTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTTGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATaaa > 1:743432/1‑140 (MQ=255) cTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATaaa < 1:3713376/140‑1 (MQ=255) cTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATaaa > 1:2930038/1‑140 (MQ=255) cTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATaaa > 1:5114882/1‑140 (MQ=255) cTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCCCACATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGTACGTGCGATaaa > 2:1113516/1‑140 (MQ=255) cATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGt < 1:534124/140‑1 (MQ=255) cATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGt < 2:1449693/140‑1 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gtgCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGt > 2:2709098/1‑140 (MQ=255) cTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGa > 2:1080711/1‑140 (MQ=255) gggAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGGCCGCCCCCGCCGCACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGAtt < 2:2154782/140‑1 (MQ=255) gggAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGAtt > 2:2945252/1‑140 (MQ=255) ggAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGAttt > 1:3010498/1‑140 (MQ=255) ggAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGAttt < 1:3851248/140‑1 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tGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCCGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATatcatcatc > 2:2243983/1‑140 (MQ=255) ggTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACTTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCaa > 2:2408863/1‑140 (MQ=255) ggTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACTCCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCAGCaa > 2:1714853/1‑140 (MQ=255) ggTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCaa > 2:5359931/1‑140 (MQ=255) ggTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCaa > 1:1999423/1‑140 (MQ=255) cGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGGTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTcc > 1:4621090/1‑140 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1:1238487/1‑140 (MQ=255) cGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGAccgcc < 1:3158895/140‑1 (MQ=255) gTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCgg > 2:3856885/1‑140 (MQ=255) aCGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCACTCCGCAGACCCGCCGGGCTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTGCCGGATAAACAACCGCGGAGCTGAACGACGGGTGGCGCCGACCCCCAGAGTc > 2:1021944/1‑140 (MQ=255) aCGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTc > 2:2761179/1‑140 (MQ=255) tgccgcccgcccgcGCCGGACGTGCGATAACCGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCaaa < 1:1835204/134‑1 (MQ=255) cTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATATACGTCAATGCGCAGATCCGCGGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTACGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACg > 2:4091973/1‑140 (MQ=255) cTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACg > 1:695095/1‑140 (MQ=255) tGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCCTCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACgg > 2:4879460/1‑140 (MQ=255) tGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACgg > 1:1043189/1‑140 (MQ=255) gACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACggg < 1:1906941/140‑1 (MQ=255) gACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACggg > 2:554281/1‑140 (MQ=255) gACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACggg > 1:109364/1‑140 (MQ=255) gcccgcGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATACGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACGGGCtgt > 2:2106569/1‑138 (MQ=255) ccgcGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCCATATCATCATCAACTTCCGGCTAAACAACCGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCACACGGGCTTTTa > 2:162387/1‑140 (MQ=255) ccgcGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACGGGCTTTTa > 1:4734099/1‑140 (MQ=255) gcgcCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACGGGCTTTTACg > 2:256228/1‑140 (MQ=255) | ATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGCGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACGGGCTTTTACGCACCAG > NZ_CP025268/3037714‑3037985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |