| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,179,025 | A→G | I38T (ATC→ACC) | cpdA ← | 3',5'‑cyclic‑AMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,179,025 | 0 | A | G | 99.7% | 1054.6 / NA | 314 | I38T (ATC→ACC) | cpdA | 3',5'‑cyclic‑AMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (122/191); minor base C (0/1); total (122/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
AACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGAC > NZ_CP025268/3178888‑3179160 | aaCTTGCGATGCCTTCAGCGCAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTg > 1:909197/1‑140 (MQ=255) aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGgtgt < 2:5441694/140‑1 (MQ=255) aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGgtgt < 1:3924971/140‑1 (MQ=255) aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTAATCCTGCGCTAAATCACCAGTCGCGACAATCAGGTCTAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGgtgt < 2:749778/140‑1 (MQ=255) cTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGtt < 1:5537648/140‑1 (MQ=255) ttGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGATTTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGttt < 2:3992294/140‑1 (MQ=255) ttGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGttt < 2:505753/140‑1 (MQ=255) ttGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGttt < 2:353860/140‑1 (MQ=255) ttGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGttt < 2:2156413/140‑1 (MQ=255) ttGCGATGCCTTAAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCCCCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGttt < 1:1175853/140‑1 (MQ=255) tGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTACATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTa < 2:1085518/140‑1 (MQ=255) gCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAc > 1:5481633/1‑140 (MQ=255) gCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTATCCCAGGTGTTTAc > 2:785841/1‑140 (MQ=255) aTGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAcccc < 1:595368/140‑1 (MQ=255) ttCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACa < 2:1430416/140‑1 (MQ=255) tccAGCGAACTGCTCAGAGGCCGCAGAGGATTGATAATGCGCCAAATCACCCGTCGCGGCAAGCAGGTCGAATGCGGGCTGCTGTGCCCGAATCGCCTTCGGCACGGCCTCGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACa < 2:2518598/138‑1 (MQ=255) aGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAggg > 2:5293915/1‑140 (MQ=255) tGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGTGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTg > 2:4856971/1‑140 (MQ=255) tGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTg < 1:5419025/140‑1 (MQ=255) tGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTg > 2:4578709/1‑140 (MQ=255) cTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCt < 1:43798/140‑1 (MQ=255) tGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCtt < 2:3309451/140‑1 (MQ=255) tGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCtt < 1:3413919/140‑1 (MQ=255) aGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGAGAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCCTCGTGCTTTtgt < 2:5532330/140‑1 (MQ=255) gCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGGATTCGTGCTGGTGTGGCCGCATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGc < 1:3587368/140‑1 (MQ=255) ccGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCa > 1:4922472/1‑140 (MQ=255) ccGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCa < 1:840197/140‑1 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gcgcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTa > 2:190861/1‑140 (MQ=255) gcgcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTa > 2:4357909/1‑140 (MQ=255) gcgcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTa > 1:1539200/1‑140 (MQ=255) cgcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTaa > 1:3338253/1‑140 (MQ=255) cgcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGCGTCGGTaa > 1:5323780/1‑140 (MQ=255) gcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTATCAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAGCAGGTGAGTGTCGGTAAt < 1:874888/140‑1 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cgACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGAct < 1:1480051/140‑1 (MQ=255) cAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCt > 1:1687899/1‑140 (MQ=255) ggTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCa < 1:1253891/140‑1 (MQ=255) ggTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCa < 1:2064647/140‑1 (MQ=255) gTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCAc < 2:1662970/140‑1 (MQ=255) gTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCAc < 1:616998/140‑1 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(MQ=255) aTCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCGAGGTGTGTACCCCAAACAGGGCGTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATGCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGTAAGAGTGAACAGGCt > 2:546025/1‑140 (MQ=255) aTCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCt > 1:74871/1‑140 (MQ=255) tCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCaa > 1:5107090/1‑140 (MQ=255) aGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATg < 1:5238072/140‑1 (MQ=255) aGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATg < 2:264501/140‑1 (MQ=255) aGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGAATCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATg < 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gCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTcc > 1:3079449/1‑140 (MQ=255) gCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTcc > 1:1616372/1‑140 (MQ=255) gCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTcc > 2:1310275/1‑140 (MQ=255) gCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTcc > 2:593296/1‑140 (MQ=255) ccTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCt > 2:3446819/1‑140 (MQ=255) ccTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCt > 1:3541486/1‑140 (MQ=255) ccTGGTAACTCGCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAATAGCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCt > 1:4640761/1‑140 (MQ=255) ctcCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCac > 1:4172459/1‑140 (MQ=255) tcCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCacg > 1:2770504/1‑140 (MQ=255) cccAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCacga < 1:290960/140‑1 (MQ=255) ccAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCacgac > 1:4324616/1‑140 (MQ=255) | AACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGAC > NZ_CP025268/3178888‑3179160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |