| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,309,691 | A→G | intergenic (‑82/+26) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,309,691 | 0 | A | G | 93.1% | 992.3 / 38.2 | 320 | intergenic (‑82/+26) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (130/167); minor base C (6/16); total (137/183) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
CAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCC‑CCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAC > NZ_CP025268/3309561‑3309827 | cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCg > 2:2227089/1‑140 (MQ=255)cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCg > 1:446760/1‑140 (MQ=255)cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCg > 1:3018320/1‑140 (MQ=255) aaGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCgg < 1:4535820/140‑1 (MQ=255) 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aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 2:3877400/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 1:3538613/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 1:1384067/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 2:2919256/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa > 2:5041804/1‑140 (MQ=255) ggCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACg > 1:584564/1‑140 (MQ=255) ggCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACg > 1:857853/1‑140 (MQ=255) ggCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACg < 1:1542578/140‑1 (MQ=255) cGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGc > 1:2169465/1‑140 (MQ=255) gTCCTGCCCGGTCAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGcc > 2:5519627/1‑140 (MQ=255) tCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc > 1:3427525/1‑140 (MQ=255) tCCTGCCCGGTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc > 1:1015297/1‑140 (MQ=255) gTTAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCGGGCGATCa < 1:5105146/140‑1 (MQ=255) ttAAAAGCCCC‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCaa > 1:5180968/1‑140 (MQ=255) aaagcccc‑ccG‑CCACAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACtt > 2:3736467/6‑140 (MQ=255) aagccgc‑ccG‑CCGCACGGGAGGCCAAATGGCAACCTTACTCGCGCTGTCCAGCAGCCCTGCCTCCCTGTGCTGCAGCCGGCTGAGACTGGTGCGTCGCTTCGCTAAACCTCAAACAGAGCCGGCCCCGGCACTCACCTTc > 2:3800534/7‑140 (MQ=255) agcccc‑ccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTcc > 1:1701123/4‑140 (MQ=255) gcccc‑ccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCa < 1:2227089/138‑1 (MQ=255) | CAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCC‑CCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAC > NZ_CP025268/3309561‑3309827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |