| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,435,263 | A→G | T122A (ACA→GCA) | fmt → | methionyl‑tRNA formyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,435,263 | 0 | A | G | 99.7% | 1109.5 / NA | 337 | T122A (ACA→GCA) | fmt | methionyl‑tRNA formyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (131/204); total (131/206) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
ACTGGTCGCCGAACTGCAGGCTGATGTTATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGAGATGCCGCGTCTTGGCTGTATCAACGTTCATGGTTCACTGCTGCCACGCTGGCGCGGTGCTACACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGTA > NZ_CP025268/3435127‑3435398 | cGCCGAACTGCAGGCTGATGTTATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGAGATGCCGCGTCTTGGCTGTATCAACGTTCATGGTTCACTGCTGCCACGCTGGCGCGGTGCTGCACCAATcc < 1:1961736/140‑1 (MQ=255) gCCGAACTGCAGGCTGATGTTATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGAGATGCCGCGTCTTGGCTGTATCAACGTTCATGGTTCACTGCTGCCACGCTGGCGCGGTGCTGCACCAATCCa < 2:3576705/140‑1 (MQ=255) gAACTGCAGGCTGATGTTATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGAGATGCCGCGTCTTGGCTGTATCAACGTTCATGGTTCACTGCTGCCACGCTGGCGCGGTGCTGCACCAATCCAACg < 1:433860/140‑1 (MQ=255) gAACTGCAGGCTGATGTTATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGAGATGCCGCGTCTTGGCTGTATCAACGTTCATGGTTCACTGCTGCCACGCTGGCGCGGTGCTGCACCAATCCAACg < 1:1632288/140‑1 (MQ=255) 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ccACGCCGGCGCGGTGCTGCACCAATCGAACGCGCCCTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTTTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTGTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCGGATTACTGCaga > 2:530929/1‑140 (MQ=255) cACGCTGGCGCGGTGCTGCACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCagaa < 2:1738230/140‑1 (MQ=255) tGGCGCGGTGCTGCACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGCTGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATAc < 2:2263884/140‑1 (MQ=255) tGGCGCGGTGCTGCACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATAc < 2:515733/140‑1 (MQ=255) tGGAGCGGTGCTACACCAATCCAACCCTCACTATGGGCGGGTGCTGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGAGGTCGGTTTAGACGCCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCTCGATTACTGCAGAAGATAc < 2:3636554/140‑1 (MQ=255) ggCGCGGTGCTGCACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATAcc > 1:4891918/1‑140 (MQ=255) cgGTGCTGCACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTg < 2:1092037/140‑1 (MQ=255) tgctgcACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGTa < 2:3888409/140‑1 (MQ=255) tgctgcACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGTa < 2:4877143/140‑1 (MQ=255) tgctgcACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGTa < 2:3387903/140‑1 (MQ=255) tgctgcACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCCCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGTa > 2:217548/1‑140 (MQ=255) | ACTGGTCGCCGAACTGCAGGCTGATGTTATGGTCGTCGTCGCCTATGGTTTAATTCTGCCGAAAGCAGTGCTGGAGATGCCGCGTCTTGGCTGTATCAACGTTCATGGTTCACTGCTGCCACGCTGGCGCGGTGCTACACCAATCCAACGCTCACTATGGGCGGGTGATGCAGAAACTGGTGTGACCATTATGCAAATGGATGTCGGTTTAGACACCGGTGATATGCTCTATAAGCTCTCCTGCCCGATTACTGCAGAAGATACCAGTGGTA > NZ_CP025268/3435127‑3435398 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |