| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 3,736,968 | T→C | intergenic (+120/+77) | xylR → / ← bax | DNA‑binding transcriptional regulator XylR/protein bax |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,736,968 | 0 | T | C | 99.7% | 1170.8 / NA | 357 | intergenic (+120/+77) | xylR/bax | DNA‑binding transcriptional regulator XylR/protein bax |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (177/178); total (178/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
AGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGTTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAGTTGT > NZ_CP025268/3736831‑3737103 | aGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCg < 2:4728090/140‑1 (MQ=255) gAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCGTCAGGCTCGTAg > 2:3937274/1‑140 (MQ=39) gAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCGGCGTGGTTGGCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAg > 2:2906898/1‑140 (MQ=255) gAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATAAGGTAAAGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCAGACGTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAg > 2:685409/1‑140 (MQ=255) 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tagcgatgatgAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTg > 1:5311433/6‑140 (MQ=255) gcgatgatgAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTgag > 1:1169458/4‑140 (MQ=255) gcgatgatgAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTgag > 1:346863/4‑140 (MQ=255) gcgatgatgAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTgag > 2:2984872/4‑140 (MQ=255) atgatgAGAATTGTCGGCGTCACATCGGGGAACGCTGAGTGATTGTCGGATGCGGCGTGAAGGCCTTATCCGACTAACACGGCAGGCAGGATAAAACGCAGCAACAAAGCGTCAGGATCGGAGCTAAGCTGCTTGAGACa > 2:269982/1‑140 (MQ=255) atgatgAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACa > 1:1125761/1‑140 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ccAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGa < 2:1224805/140‑1 (MQ=255) caacaaCGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCTaa > 1:714746/1‑140 (MQ=255) acGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGt > 2:1267548/1‑140 (MQ=255) cGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTa > 1:1585009/1‑140 (MQ=255) cGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTa < 1:5164981/140‑1 (MQ=255) cTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAgt < 1:1351143/140‑1 (MQ=255) cTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAgt < 2:2771581/140‑1 (MQ=255) cTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAgt < 1:2049442/140‑1 (MQ=255) cTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTGATCCGACTTACAAGTCGGATAAGGCTAAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGCTTATCCTGGTACATTGGGAAAATGTatt > 2:506768/1‑138 (MQ=255) cTTCAGGCTCGTAGCGGAATTGCCTGGGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGGTAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCTTGGTATATTGCGAACAGGTAgt < 2:5241142/140‑1 (MQ=255) tCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAgttg > 1:5016070/1‑140 (MQ=255) | AGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGTTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAGTTGT > NZ_CP025268/3736831‑3737103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |