| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 3,769,101 | A→G | *281* (TAA→TAG) | yibA → | HEAT repeat domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 3,769,101 | 0 | A | G | 99.0% | 1029.9 / NA | 310 | *281* (TAA→TAG) | yibA | HEAT repeat domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (239/68); minor base T (3/0); total (242/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGG > NZ_CP025268/3768967‑3769236 | ttATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGt < 1:33570/140‑1 (MQ=255) ttATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGt < 1:4000453/140‑1 (MQ=255) ttATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGt < 1:1694246/140‑1 (MQ=255) ttATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTAGTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGt < 1:4064077/140‑1 (MQ=255) 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2:1558641/1‑140 (MQ=21) tCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCgctgg > 2:235758/1‑140 (MQ=255) tCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCgctgg > 1:3164931/1‑140 (MQ=255) ccGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCGGCCgctggc > 1:135194/1‑140 (MQ=255) ccGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCgctggc > 2:887271/1‑140 (MQ=255) ccGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCgctggc > 1:5291030/1‑140 (MQ=255) ccGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCgctggc > 1:732606/1‑140 (MQ=255) cGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCgctggct > 1:3890180/1‑140 (MQ=255) cGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCgctggct > 1:1855609/1‑140 (MQ=255) tATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCtggctggc < 1:4451070/140‑1 (MQ=255) gAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCt > 1:3962095/1‑140 (MQ=255) gAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCt < 1:4291339/140‑1 (MQ=255) gAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCt > 2:2924052/1‑140 (MQ=255) aaGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTg > 1:3907561/1‑140 (MQ=255) ttCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGt > 1:1584425/1‑140 (MQ=255) ttCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGt > 1:658984/1‑140 (MQ=255) cATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTgg > 1:194546/1‑140 (MQ=255) cATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTgg > 2:4700485/1‑140 (MQ=255) cATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTgg > 2:4835216/1‑140 (MQ=255) cATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTgg > 2:5178660/1‑140 (MQ=255) cATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGGGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTgg > 2:3778873/1‑140 (MQ=255) | GTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGG > NZ_CP025268/3768967‑3769236 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |