| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,965,748 | T→C | H134R (CAC→CGC) | gppA ← | guanosine‑5'‑triphosphate,3'‑diphosphate diphosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,965,748 | 0 | T | C | 99.5% | 1321.5 / NA | 394 | H134R (CAC→CGC) | gppA | guanosine‑5'‑triphosphate,3'‑diphosphate diphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (219/172); minor base G (1/1); total (220/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
GCCCCAGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGTGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACGGCAA > NZ_CP025268/3965614‑3965883 | gCCCCAGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGa < 1:2049241/140‑1 (MQ=255) ccccAGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCAACACCAGGCGCTGAt < 1:2805245/140‑1 (MQ=255) ggATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGc < 2:930922/139‑1 (MQ=255) aGATTACGCTCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAAGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTAAGTAATGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGc < 1:690723/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCAACCACCAGGCGCTGATCGGCAACAACAgtggt > 2:793106/1‑140 (MQ=255) cAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAgtggtg < 2:1821292/140‑1 (MQ=255) aaacTAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGgtgt < 2:1329932/140‑1 (MQ=255) aaaaTAGCGTTCCAGCGAGGCGACGCAGCCCAGCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTGTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGgtgt < 2:3021597/140‑1 (MQ=255) gCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCaa < 1:1114632/140‑1 (MQ=255) ttCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGc > 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acaacGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTg < 1:158186/140‑1 (MQ=255) caacGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGa < 1:3453064/140‑1 (MQ=255) aacGAGGTGGTTTGTGCCCCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGAt < 2:4857409/140‑1 (MQ=255) aacGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGAt < 1:2877466/140‑1 (MQ=255) acGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATc < 2:693535/140‑1 (MQ=255) cGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCAccacca < 2:644229/85‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATCTCCTGCGCTTTGGCAATaaa > 2:782394/1‑140 (MQ=255) tCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAAt < 2:2230037/140‑1 (MQ=255) tCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAAt < 1:3050948/140‑1 (MQ=255) gCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCAc > 1:3510951/1‑140 (MQ=255) gCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCAc > 2:3914129/1‑140 (MQ=255) gCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCAc > 1:4835090/1‑140 (MQ=255) gCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCAc > 2:4609661/1‑140 (MQ=255) gCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCAc > 1:2993396/1‑140 (MQ=255) ccTATATCAATCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAACTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCAcc < 2:4104131/140‑1 (MQ=255) tatCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCa > 1:5005592/1‑140 (MQ=255) atCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCAc > 2:5483676/1‑87 (MQ=255) caccaccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGa < 1:1981577/140‑1 (MQ=255) accaccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGAc > 1:5151364/1‑140 (MQ=255) accaccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCAGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGAc > 1:4784394/1‑140 (MQ=255) ccaccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGTTTTGAGCAACTCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGAGCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATTAAATCACCCGGATTGACg > 2:1498028/1‑140 (MQ=255) ccaccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCaattgcg > 2:2791365/1‑134 (MQ=255) ccaccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTCTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGCCGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAACTTCCTGCGCTTTGGCAATAAACTCACCCGCATTGAcc > 2:4285484/1‑139 (MQ=255) caccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCGGCATTGACgg > 1:329216/1‑140 (MQ=255) caccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACgg > 2:2406478/1‑140 (MQ=255) caccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTATTCACCGCTGATCACATGTACCGGACAGCCGAGAATTTCCTGCGCTCTGGCAATAACATCACCGGCATTGACgg > 2:1120490/1‑140 (MQ=255) caGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACGGCaa > 1:3192652/1‑140 (MQ=255) | GCCCCAGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGTGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACGGCAA > NZ_CP025268/3965614‑3965883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |