| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 4,449,815 | A→G | pseudogene (3779/3779 nt) | tamB → | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 4,449,815 | 0 | A | G | 99.6% | 1466.6 / NA | 444 | pseudogene (3779/3779 nt) | tamB | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base G (248/191); minor base T (2/0); total (251/193) | |||||||||||
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Only 100 of 444 total aligned reads displayed.
AGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGA‑T‑T‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAG > NZ_CP025268/4449681‑4449950 | aCGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATT‑T‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAatat < 1:823309/140‑1 (MQ=255) ggCGGGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCTTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGACGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATT‑T‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATAttt < 1:493795/140‑1 (MQ=255) cGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAGGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATT‑T‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGt > 2:4388841/1‑140 (MQ=255) cGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATT‑T‑GCTTTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGt > 2:707018/1‑140 (MQ=255) 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1:1761358/140‑1 (MQ=255) aCTGGATT‑T‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGta < 2:562639/140‑1 (MQ=255) ggatt‑t‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAg > 2:3507187/5‑140 (MQ=255) gatt‑t‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGc < 1:1432564/137‑1 (MQ=255) ctctATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGc < 2:4832205/140‑1 (MQ=255) ctctATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGc < 2:1188240/140‑1 (MQ=255) ctctATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGc > 2:1519470/1‑140 (MQ=255) ctctATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATACTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGc < 2:4628387/140‑1 (MQ=255) ctATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAGCAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTCACTGGGCGATTTCAGTATCGTTAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCa < 2:4110418/140‑1 (MQ=255) tATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCAc < 2:5452915/140‑1 (MQ=255) aTCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACt > 1:5162375/1‑140 (MQ=255) aTCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACt > 2:5182756/1‑140 (MQ=255) ttCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCa > 1:3886559/1‑140 (MQ=255) aGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGgcg < 1:2594445/140‑1 (MQ=255) | AGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGA‑T‑T‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAG > NZ_CP025268/4449681‑4449950 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |