Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,579,872 | T→C | M1M (ATG→GTG) † *460* (TAA→TAG) |
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5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease system specificity protein McrC 5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease subunit McrB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,579,872 | 0 | T | C | 99.6% | 878.5 / NA | 264 | M1M (ATG→GTG) † *460* (TAA→TAG) | mcrC mcrB | 5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease system specificity protein McrC 5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease subunit McrB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (179/84); minor base A (0/1); total (179/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
AATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCATTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATC > NZ_CP025268/4579736‑4580006 | tcatacCCCATGATATCAAGTAGATTGTTACCGGCTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCACATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACCCGTCTCACGGGCTGTTCCACTATGAg < 2:3075935/139‑1 (MQ=255) acattcACCAGGATATAAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATTACGTGCTGTTCCACTATGAg < 2:2000598/140‑1 (MQ=255) acatccCCCATGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAg < 1:3932476/140‑1 (MQ=255) acatacCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTGCAAGGTGTGCCTGCTTAATTTCCTGTCAATAACCGCATGCGTAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGGCAGGGATCACGGGCTGTTCCACTATGAg < 2:1373979/140‑1 (MQ=255) 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2:1595070/1‑140 (MQ=255) aCGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTg < 2:1073788/140‑1 (MQ=255) aCGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTg < 1:3748262/140‑1 (MQ=255) aGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATc < 1:866383/140‑1 (MQ=255) aGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATc > 2:3312486/1‑140 (MQ=255) gTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCg > 2:3008837/1‑140 (MQ=255) cGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAgg > 1:3176913/1‑140 (MQ=255) ggCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGtt > 2:3884899/1‑139 (MQ=255) tGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCa < 1:2453448/140‑1 (MQ=255) ttCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTAGCCGGAGAGGTGCCATc > 2:3451110/1‑140 (MQ=255) ttCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGCAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATc > 2:4942185/1‑140 (MQ=255) ttCCACTATGAGTCCCCAAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGGTGTGTATA‑GGGGTGATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCAGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCagc > 2:1224485/1‑138 (MQ=255) | AATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCATTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATA‑GGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATC > NZ_CP025268/4579736‑4580006 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |