| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 443,691 | T→C | intergenic (‑126/‑42) | panE ← / → yajQ | 2‑dehydropantoate 2‑reductase/nucleotide binding protein YajQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 443,691 | 0 | T | C | 99.1% | 1129.2 / NA | 346 | intergenic (‑126/‑42) | panE/yajQ | 2‑dehydropantoate 2‑reductase/nucleotide binding protein YajQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (239/101); total (243/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
GGTAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGAC > NZ_CP025268/443554‑443825 | tAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACGACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTTCGGGt > 1:3365030/1‑140 (MQ=255) tAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGTTGCCGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGt > 1:428857/1‑140 (MQ=255) tAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGt > 1:5327566/1‑140 (MQ=255) tAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGt > 1:5151293/1‑140 (MQ=255) ttttCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGAGTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAGATTTGCGGGtatt > 2:2673623/1‑140 (MQ=255) ttCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGc < 2:2818238/140‑1 (MQ=255) cctcctCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCAt > 2:3961550/1‑140 (MQ=255) cccGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATg > 1:921246/1‑140 (MQ=255) cAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAgg > 2:2224508/1‑140 (MQ=255) aaCCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTTCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGGTATTTAACTTTTCGGGTATTATGCTGCGCATCAAAAATGAAggg > 1:238103/1‑140 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tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGGCATCTTTCGatat > 2:3188246/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 2:1069835/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 2:4659741/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 1:4755776/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 1:305557/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 1:4920666/1‑140 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(MQ=255) tCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAg > 1:378334/1‑140 (MQ=255) tCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAg > 2:5345790/1‑140 (MQ=255) tCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAg > 1:3142848/1‑140 (MQ=255) ccGGTTGTTTAACGTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGTAGAGGCGAAGATGCCCTCTTTCGATATTGTCTCTGACGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAg > 2:2382950/2‑140 (MQ=255) ccGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTGTGCTTCGCATCAAAAAGGACGGGAGAGGAAAAGATGCGATCTGTCGATATGGTCTCTGGGGTTGATCTTCAGGAAGCACGTGACGCGGGCGATAACGCGCGCCGCGAAGTGGAg > 2:5062417/2‑140 (MQ=255) ggTTATTTAACTTTGCGGGTATTATCCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTc < 2:3069196/140‑1 (MQ=255) tATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCCAAGTGGAGGccgg > 2:879135/1‑138 (MQ=255) aCTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGa < 2:4864942/140‑1 (MQ=255) cTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGAc < 1:289477/140‑1 (MQ=255) cTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGAc < 2:3746877/140‑1 (MQ=255) | GGTAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGAC > NZ_CP025268/443554‑443825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |