| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 468,479 | G→A | E187K (GAG→AAG) | mdlA → | SmdA family multidrug ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP025268 | 468,479 | 0 | G | A | 99.4% | 1201.2 / NA | 327 | E187K (GAG→AAG) | mdlA | SmdA family multidrug ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (177/146); minor base T (2/0); total (181/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
CACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTGAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCGGCAA > NZ_CP025268/468342‑468615 | gggCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAgg < 2:356956/140‑1 (MQ=255) gggCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAgg < 1:2618035/140‑1 (MQ=255) ggCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGGTTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAggc > 2:4627476/1‑140 (MQ=255) ggCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAggc > 1:3768429/1‑140 (MQ=255) ggCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAggc > 1:898082/1‑140 (MQ=255) ggCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAggc > 2:1530371/1‑140 (MQ=255) gCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAggcg < 2:2442010/140‑1 (MQ=255) cTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAggcgg > 2:676019/1‑140 (MQ=255) cTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAggcgg > 2:2198032/1‑140 (MQ=255) gcgcTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGgcggcg > 1:3515915/1‑140 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ccGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAATCCtt < 2:3366204/140‑1 (MQ=255) ccGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCtt < 1:4112672/140‑1 (MQ=255) ccGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCtt < 2:4269785/140‑1 (MQ=255) aTGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGACAGCCTCCCCAGTACCCGCATGATCAAAGCCTTTgg > 2:2594715/1‑140 (MQ=255) ccAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCACCGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTTGTCt < 2:3431183/140‑1 (MQ=255) cAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTg > 1:4979339/1‑140 (MQ=255) aGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTgg < 1:1968032/140‑1 (MQ=255) ggCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATc > 1:4622228/1‑140 (MQ=255) cATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGt < 1:1009499/140‑1 (MQ=255) aggATGAAGCGGACCGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTCATGGCCGCACCCAGGAAAGCCGCCACAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTc < 2:1340583/138‑1 (MQ=255) aGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGATCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTa > 2:3706787/1‑140 (MQ=255) cgcAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGGAGATCGCCAGTCGGCGTTAtt > 2:2561475/1‑140 (MQ=255) aaCGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGc > 1:3265725/1‑140 (MQ=255) aCGGCGATGCTTTGGAAGAAAGCAATAAGCAGGGACAGGCGGTTTGTTTCAGACGTAATGAACGCACCCAGGAAAGCGTCACCAATATCCGCATGATGAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATGGCCAGTCGTCGGTATTTGct > 2:1250677/1‑139 (MQ=255) cGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCcg > 1:3704803/1‑140 (MQ=255) cGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCgg < 2:3279980/140‑1 (MQ=255) gATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGa > 2:5276942/1‑140 (MQ=255) tGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGaa > 1:140224/1‑140 (MQ=255) aCGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCg > 2:2295613/1‑140 (MQ=255) cGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCgg < 2:3753672/140‑1 (MQ=255) cGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCgg < 1:3352389/140‑1 (MQ=255) cTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCGGCa > 1:2840154/1‑140 (MQ=255) | CACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTGAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCGGCAA > NZ_CP025268/468342‑468615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |