Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_CP025268 | 581,197 | +G | intergenic (+50/+4) | CXP41_RS24355 → / ← CXP41_RS03085 | tail fiber assembly protein/class I SAM‑dependent methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NZ_CP025268 | 581,196 | 1 | . | G | 98.8% | 1122.7 / 3.5 | 342 | intergenic (+49/+5) | CXP41_RS24355/CXP41_RS03085 | tail fiber assembly protein/class I SAM‑dependent methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base G (149/186); total (152/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
AGCCTGGAAAAAATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTT > NZ_CP025268/581057‑581329 | gCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCg < 1:1305146/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:3870653/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:4731873/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:3533747/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCcttct > 1:4294448/1‑140 (MQ=255) cagcaCGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGaa > 2:4555034/1‑140 (MQ=255) cagcaCGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGaa > 1:1661232/1‑140 (MQ=255) aaGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTGCTTCGGAATCTTTTGTGtt > 2:1483009/1‑140 (MQ=255) aGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaa < 1:2284593/140‑1 (MQ=255) gAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaaaa > 2:3671243/1‑44 (MQ=255) gAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATAACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaaa > 2:2830911/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAg > 2:2132003/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAg > 1:1465805/1‑140 (MQ=255) tgctgcGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGc > 1:2067043/1‑140 (MQ=255) | AGCCTGGAAAAAATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTT > NZ_CP025268/581057‑581329 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |